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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qjd | ||||||
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タイトル | Flavocytochrome C3 from Shewanella frigidimarina | ||||||
要素 | FLAVOCYTOCHROME C3 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / FUMARATE REDUCTASE / RESPIRATORY FUMARATE REDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fumarate reductase (cytochrome) / fumarate reductase (quinol) / : / succinate dehydrogenase (quinone) activity / steroid metabolic process / FMN binding / periplasmic space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SHEWANELLA FRIGIDIMARINA (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Taylor, P. / Pealing, S.L. / Reid, G.A. / Chapman, S.K. / Walkinshaw, M.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999 タイトル: Structural and Mechanistic Mapping of a Unique Fumarate Reductase 著者: Taylor, P. / Pealing, S.L. / Reid, G.A. / Chapman, S.K. / Walkinshaw, M.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qjd.cif.gz | 134 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qjd.ent.gz | 109.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qjd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qjd_validation.pdf.gz | 766.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qjd_full_validation.pdf.gz | 781.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qjd_validation.xml.gz | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qjd_validation.cif.gz | 25.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/1qjd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/1qjd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 60627.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SHEWANELLA FRIGIDIMARINA (バクテリア) / 株: NCIMB400 / 参照: UniProt: Q02469, UniProt: Q07WU7*PLUS |
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-非ポリマー , 6種, 584分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEC / #3: 化合物 | ChemComp-FAD / | #4: 化合物 | ChemComp-TEO / | #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: HANGING DROP, 50-100MM TRISHCL PH 7.4 80MM NACL 17-20% PEG 8000 10MM FUM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Pealing, S.L., (1999) J. Struct. Biol., 127, 76. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488, 1.736, 1.738 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年8月20日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: GE(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.8→24 Å / Num. obs: 54988 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 13.2 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.46 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Mean I/σ(I) obs: 6.29 / % possible all: 94 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→24 Å / Num. parameters: 20171 / Num. restraintsaints: 18190 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: SER 113 HAS ONLY PARTIAL DENSITY AND THIS IS RESPONSIBLE FOR THE POOR QUALITY OF GLU A 114. RESIDUE ARG A 487 SHOWS POOR DENSITY FOR ATOMS CG AND CD. DATA WAS COLLECTED AT WAVELENGTHS 1.736 ...詳細: SER 113 HAS ONLY PARTIAL DENSITY AND THIS IS RESPONSIBLE FOR THE POOR QUALITY OF GLU A 114. RESIDUE ARG A 487 SHOWS POOR DENSITY FOR ATOMS CG AND CD. DATA WAS COLLECTED AT WAVELENGTHS 1.736 AND 1.739 ANGSTROM USING THE EMBL/DESY, HAMBURG BEAMLINE X31 SYNCHROTRON. THE SRS DATA AT WAVELENGTH 1.488 ANGSTROM WAS USED IN THE REFINEMENT.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 5042 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→24 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.1921 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: s_plane_restr / Dev ideal: 0.0261 |