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- PDB-1qjd: Flavocytochrome C3 from Shewanella frigidimarina -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qjd
タイトルFlavocytochrome C3 from Shewanella frigidimarina
要素FLAVOCYTOCHROME C3
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FUMARATE REDUCTASE (フマル酸レダクターゼ) / RESPIRATORY FUMARATE REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


fumarate reductase (cytochrome) / フマル酸レダクターゼ (キノール) / : / succinate dehydrogenase (quinone) activity / steroid metabolic process / FMN binding / ペリプラズム / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tetrahaem cytochrome domain / Cytochrome c3 / Flavocytochrome c / Flavocytochrome C3; Chain A / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1 / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain ...Tetrahaem cytochrome domain / Cytochrome c3 / Flavocytochrome c / Flavocytochrome C3; Chain A / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1 / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain / Multiheme cytochrome c family profile. / Multiheme cytochrome superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / Zinc finger C2H2-type / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / HEME C / MALATE LIKE INTERMEDIATE / Fumarate reductase flavoprotein subunit / Fumarate reductase (cytochrome)
類似検索 - 構成要素
生物種SHEWANELLA FRIGIDIMARINA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Taylor, P. / Pealing, S.L. / Reid, G.A. / Chapman, S.K. / Walkinshaw, M.D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structural and Mechanistic Mapping of a Unique Fumarate Reductase
著者: Taylor, P. / Pealing, S.L. / Reid, G.A. / Chapman, S.K. / Walkinshaw, M.D.
履歴
登録1999年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.01999年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FLAVOCYTOCHROME C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1349
ポリマ－60,6271
非ポリマー3,5078
水10,377576
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)45.393, 91.946, 78.288
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 FLAVOCYTOCHROME C3


分子量: 60627.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SHEWANELLA FRIGIDIMARINA (バクテリア) / 株: NCIMB400 / 参照: UniProt: Q02469, UniProt: Q07WU7*PLUS

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非ポリマー , 6種, 584分子

#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-TEO / MALATE LIKE INTERMEDIATE


分子量: 132.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4O5
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 576 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: HANGING DROP, 50-100MM TRISHCL PH 7.4 80MM NACL 17-20% PEG 8000 10MM FUM
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Pealing, S.L., (1999) J. Struct. Biol., 127, 76.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150-100 mMTris-HCl1reservoir
280 mM1reservoirNaCl
317-20 %PEG80001reservoir
4+-10 mMfumarate1reservoir
56-10 mg/mlprotain1drop
610 mMTris-HCl1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488, 1.736, 1.738
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年8月20日
放射モノクロメーター: GE(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.4881
21.7361
31.7381
反射解像度: 1.8→24 Å / Num. obs: 54988 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.46 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Mean I/σ(I) obs: 6.29 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL-97位相決定
SOLVE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→24 Å / Num. parameters: 20171 / Num. restraintsaints: 18190 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: SER 113 HAS ONLY PARTIAL DENSITY AND THIS IS RESPONSIBLE FOR THE POOR QUALITY OF GLU A 114. RESIDUE ARG A 487 SHOWS POOR DENSITY FOR ATOMS CG AND CD. DATA WAS COLLECTED AT WAVELENGTHS 1.736 ...詳細: SER 113 HAS ONLY PARTIAL DENSITY AND THIS IS RESPONSIBLE FOR THE POOR QUALITY OF GLU A 114. RESIDUE ARG A 487 SHOWS POOR DENSITY FOR ATOMS CG AND CD. DATA WAS COLLECTED AT WAVELENGTHS 1.736 AND 1.739 ANGSTROM USING THE EMBL/DESY, HAMBURG BEAMLINE X31 SYNCHROTRON. THE SRS DATA AT WAVELENGTH 1.488 ANGSTROM WAS USED IN THE REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2666 5513 11.2 %RANDOM
all0.1921 49415 --
obs0.1921 -83.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 5042
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4217 0 241 576 5034
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0261
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.042
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.068
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.1921
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_plane_restr / Dev ideal: 0.0261

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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