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- PDB-1qhc: CRYSTAL STRUCTURE OF RIBONUCLEASE A IN COMPLEX WITH 5'-PHOSPHO-2'... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qhc
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RIBONUCLEASE A IN COMPLEX WITH 5'-PHOSPHO-2'-DEOXYURIDINE-3'-PYROPHOSPHATE ADENOSINE-3'-PHOSPHATE
要素PROTEIN (RIBONUCLEASE A)
キーワードHYDROLASE / RIBONUCLEASE / ENDONUCLEASE / NUCLEOTIDE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PUA / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Leonidas, D.D. / Acharya, K.R.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Toward rational design of ribonuclease inhibitors: high-resolution crystal structure of a ribonuclease A complex with a potent 3',5'-pyrophosphate-linked dinucleotide inhibitor.
著者: Leonidas, D.D. / Shapiro, R. / Irons, L.I. / Russo, N. / Acharya, K.R.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Crystal Structures of Ribonuclease A Complexes with 5'-Diphosphoadenosine 3'- Phosphate and 5'-Diphosphoadenosine 2'-Phosphate at 1.7 A Resolution
著者: Leonidas, D.D. / Shapiro, R. / Irons, L.I. / Russo, N. / Acharya, K.R.
履歴
登録1999年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (RIBONUCLEASE A)
B: PROTEIN (RIBONUCLEASE A)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0114
ポリマ－27,4172
非ポリマー1,5952
水2,468137
1
A: PROTEIN (RIBONUCLEASE A)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5062
ポリマ－13,7081
非ポリマー7971
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (RIBONUCLEASE A)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5062
ポリマ－13,7081
非ポリマー7971
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.360, 33.210, 73.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.11, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.574776, 0.784184, 0.233854), (-0.817028, -0.565936, -0.11037), (0.045796, -0.254504, 0.965987)
ベクター: 27.068, -17.904, -278.129)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (RIBONUCLEASE A) / EC 3.1.27.5


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物 ChemComp-PUA / ADENYLATE-3'-PHOSPHATE-[[2'-DEOXY-URIDINE-5'-PHOSPHATE]-3'-PHOSPHATE] / U-PI-A-PI / 3′-O-[(3′-O-ホスホノ-5′-アデニリル)オキシホスホニル]-2′-デオキシ-5′-ウリジル酸


分子量: 797.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H27N7O20P4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細1AFK A SWS P00656 1 - 26 NOT IN ATOMS LIST 1AFK B SWS P00656 1 - 26 NOT IN ATOMS LIST

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 20 MM SODIUM CITRATE, PH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / 詳細: Leonidas, D.D., (1997) Biochemistry, 36, 5578.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
210 mMsodium citrate1drop
310 %PEG40001drop
420 %PEG40001reservoir
520 Msodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40 Å / Num. obs: 25723 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 25.8 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Rsym value: 0.326 / % possible all: 84

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AFK

1afk


解像度: 1.7→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1295 5 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs-25665 94.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1902 0 100 137 2139
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.521.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.552
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.792
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.62.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 180 4.9 %
Rwork0.374 3527 -
obs--82.6 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.26 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 32.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.82
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.386 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor Rwork: 0.374

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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