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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qh5 | ||||||
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タイトル | HUMAN GLYOXALASE II WITH S-(N-HYDROXY-N-BROMOPHENYLCARBAMOYL)GLUTATHIONE | ||||||
要素 | PROTEIN (HYDROXYACYLGLUTATHIONE HYDROLASE) | ||||||
キーワード | HYDROLASE / METALLO-HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydroxyacylglutathione hydrolase / hydroxyacylglutathione hydrolase activity / methylglyoxal catabolic process to D-lactate via S-lactoyl-glutathione / glutathione biosynthetic process / Pyruvate metabolism / glutathione metabolic process / mitochondrial matrix / mitochondrion / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Cameron, A.D. / Ridderstrom, M. / Olin, B. / Mannervik, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of human glyoxalase II and its complex with a glutathione thiolester substrate analogue. 著者: Cameron, A.D. / Ridderstrom, M. / Olin, B. / Mannervik, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qh5.cif.gz | 121.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qh5.ent.gz | 93.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qh5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/1qh5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/1qh5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99987, -0.01367, 0.00851), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28904.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: LIVER / 解説: HETEROLOGOUSLY EXPRESSED / プラスミド: PKK 223-3,ACCI-DELETED / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM 109 / 参照: UniProt: Q16775, hydroxyacylglutathione hydrolase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-GSH / | #4: 化合物 | ChemComp-GBP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 32 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: EQUILABRATION AGAINST 4-20% W/V PEG 2000 MONOMETHYL ETHER, pH 6.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.1 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9317 |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1998年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9317 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→43 Å / Num. obs: 437671 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. obs: 84815 / Num. measured all: 437671 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.34 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.45→20 Å / SU B: 1.3 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.08
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 25.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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