+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qh5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | HUMAN GLYOXALASE II WITH S-(N-HYDROXY-N-BROMOPHENYLCARBAMOYL)GLUTATHIONE | ||||||
![]() | PROTEIN (HYDROXYACYLGLUTATHIONE HYDROLASE) | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cameron, A.D. / Ridderstrom, M. / Olin, B. / Mannervik, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of human glyoxalase II and its complex with a glutathione thiolester substrate analogue. 著者: Cameron, A.D. / Ridderstrom, M. / Olin, B. / Mannervik, B. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 121.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 93.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99987, -0.01367, 0.00851), ベクター ![]() |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28904.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q16775, ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-GSH / | ![]() #4: 化合物 | ChemComp-GBP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 32 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化![]() | pH: 6.5 詳細: EQUILABRATION AGAINST 4-20% W/V PEG 2000 MONOMETHYL ETHER, pH 6.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.1 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1998年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.45→43 Å / Num. obs: 437671 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. obs: 84815 / Num. measured all: 437671 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.34 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 25.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|