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- PDB-1qgw: CRYSTAL STRUCTURE OF PHYCOERYTHRIN 545 FROM THE MARINE CRYPTOPHYT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qgw
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PHYCOERYTHRIN 545 FROM THE MARINE CRYPTOPHYTE RHODOMONAS CS24
要素
  • (PROTEIN (CRYPTOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (ALPHA- ...) x 2
  • PROTEIN (CRYPTOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (BETA CHAIN))
キーワードPHOTOSYNTHESIS / PHYCOERYTHRIN / LIGHT-HARVESTING PROTEIN / CRYPTOPHYTE / PHYCOBILIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Cryptophytan Phycoerythrin (Alpha-1 Chain); Chain A / Phycoerythrin alpha chain / Phycoerythrin alpha chain / Phycoerythrin-like alpha chain superfamily / Phycoerythrin, alpha/beta chain / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit ...Cryptophytan Phycoerythrin (Alpha-1 Chain); Chain A / Phycoerythrin alpha chain / Phycoerythrin alpha chain / Phycoerythrin-like alpha chain superfamily / Phycoerythrin, alpha/beta chain / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Globin-like / Globin-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
15,16-DIHYDROBILIVERDIN / PHYCOERYTHROBILIN / B-phycoerythrin beta chain / Phycoerythrin alpha-2 chain, chloroplastic / Phycoerythrin alpha-3 chain, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodomonas sp. CS24 (真核生物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Harrop, S.J. / Wilk, K.E. / Hiller, R.G. / Curmi, P.M.G.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Evolution of a light-harvesting protein by addition of new subunits and rearrangement of conserved elements: crystal structure of a cryptophyte phycoerythrin at 1.63-A resolution.
著者: Wilk, K.E. / Harrop, S.J. / Jankova, L. / Edler, D. / Keenan, G. / Sharples, F. / Hiller, R.G. / Curmi, P.M.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992
タイトル: Phycobilins of Cryptophycean Algae. Occurance of Dihydrobiliverdin and Mesobiliverdin in Cryptomonad Biliproteins.
著者: Wedemayer, G.J. / Kidd, D.G. / Wemmer, D.E. / Glazer, A.N.
履歴
登録1999年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.source
改定 1.42022年12月21日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CRYPTOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (ALPHA-1 CHAIN))
B: PROTEIN (CRYPTOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (ALPHA-2 CHAIN))
C: PROTEIN (CRYPTOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (BETA CHAIN))
D: PROTEIN (CRYPTOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (BETA CHAIN))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,04115
ポリマ－52,2554
非ポリマー4,78611
水15,223845
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22500 Å2
ΔGint-205 kcal/mol
Surface area18250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.030, 82.630, 89.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9059, -0.352, 0.2354), (-0.3661, 0.3719, -0.853), (0.2128, -0.8589, -0.4658)3.614, 42.077, 64.811
2given(-0.8778, -0.3985, 0.2657), (-0.4162, 0.3601, -0.8349), (0.237, -0.8435, -0.482)3.53, 42.991, 64.362

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要素

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PROTEIN (CRYPTOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (ALPHA- ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PROTEIN (CRYPTOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (ALPHA-1 CHAIN))


分子量: 8135.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: CSIRO DIVISION OF FISHERIES HOBART TASMAINIA AUSTRALIA
由来: (天然) Rhodomonas sp. CS24 (真核生物) / 細胞内の位置: THYLAKOID LUMEN / 株: CS 24 / 参照: UniProt: Q00433
#2: タンパク質 PROTEIN (CRYPTOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (ALPHA-2 CHAIN))


分子量: 7042.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: CSIRO DIVISION OF FISHERIES HOBART TASMAINIA AUSTRALIA
由来: (天然) Rhodomonas sp. CS24 (真核生物) / 細胞内の位置: THYLAKOID LUMEN / 株: CS 24 / 参照: UniProt: Q00433, UniProt: P30943*PLUS

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タンパク質 , 1種, 2分子 CD

#3: タンパク質 PROTEIN (CRYPTOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (BETA CHAIN))


分子量: 18539.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: CSIRO DIVISION OF FISHERIES HOBART TASMAINIA AUSTRALIA
由来: (天然) Rhodomonas sp. CS24 (真核生物) / 細胞内の位置: THYLAKOID LUMEN / 株: CS 24 / 参照: UniProt: P27198

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非ポリマー , 5種, 856分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-DBV / 15,16-DIHYDROBILIVERDIN


分子量: 584.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H36N4O6
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-PEB / PHYCOERYTHROBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 845 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.86 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 %PEG40001reservoir
2100 mM1reservoirMgCl2
350 mM1reservoirLiCl
450 mMTris1reservoir
520 mg/mlprotain1drop
650 mMMES1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月1日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→30 Å / Num. obs: 264395 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 9.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 1.63→1.67 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Mean I/σ(I) obs: 12 / Rsym value: 0.104 / % possible all: 79.4
反射
*PLUS
Num. obs: 56582 / Num. measured all: 264395
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 79.4 % / Mean I/σ(I) obs: 12

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
ARPモデル構築
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: BETA CHAIN FROM PDB ENTRY 1LIA

1lia


解像度: 1.63→20 Å / SU B: 1.506 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.188 1697 3 %RANDOM
Rwork0.149 ---
obs-56582 95.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 8.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3596 0 359 833 4788
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0070.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0190.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0270.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.822
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.183
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.222
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.813
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 3 % / Rfactor obs: 0.149
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 8.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.05
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it20.82
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it21.22
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it31.18
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it31.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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