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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qgw | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF PHYCOERYTHRIN 545 FROM THE MARINE CRYPTOPHYTE RHODOMONAS CS24 | ||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / PHYCOERYTHRIN / LIGHT-HARVESTING PROTEIN / CRYPTOPHYTE / PHYCOBILIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodomonas sp. CS24 (真核生物) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å | ||||||
データ登録者 | Harrop, S.J. / Wilk, K.E. / Hiller, R.G. / Curmi, P.M.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999 タイトル: Evolution of a light-harvesting protein by addition of new subunits and rearrangement of conserved elements: crystal structure of a cryptophyte phycoerythrin at 1.63-A resolution. 著者: Wilk, K.E. / Harrop, S.J. / Jankova, L. / Edler, D. / Keenan, G. / Sharples, F. / Hiller, R.G. / Curmi, P.M. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992 タイトル: Phycobilins of Cryptophycean Algae. Occurance of Dihydrobiliverdin and Mesobiliverdin in Cryptomonad Biliproteins. 著者: Wedemayer, G.J. / Kidd, D.G. / Wemmer, D.E. / Glazer, A.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qgw.cif.gz | 135.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qgw.ent.gz | 102.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qgw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qgw_validation.pdf.gz | 1012.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qgw_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1qgw_validation.xml.gz | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qgw_validation.cif.gz | 25.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/1qgw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/1qgw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1liaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
-PROTEIN (CRYPTOPHYTAN PHYCOERYTHRIN (ALPHA- ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 8135.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: CSIRO DIVISION OF FISHERIES HOBART TASMAINIA AUSTRALIA 由来: (天然) Rhodomonas sp. CS24 (真核生物) / 細胞内の位置: THYLAKOID LUMEN / 株: CS 24 / 参照: UniProt: Q00433 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 7042.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: CSIRO DIVISION OF FISHERIES HOBART TASMAINIA AUSTRALIA 由来: (天然) Rhodomonas sp. CS24 (真核生物) / 細胞内の位置: THYLAKOID LUMEN / 株: CS 24 / 参照: UniProt: Q00433, UniProt: P30943*PLUS |
-タンパク質 , 1種, 2分子 CD
#3: タンパク質 | 分子量: 18539.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: CSIRO DIVISION OF FISHERIES HOBART TASMAINIA AUSTRALIA 由来: (天然) Rhodomonas sp. CS24 (真核生物) / 細胞内の位置: THYLAKOID LUMEN / 株: CS 24 / 参照: UniProt: P27198 |
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-非ポリマー , 5種, 856分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 化合物 | ChemComp-PEB / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.86 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.63→30 Å / Num. obs: 264395 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 9.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 21.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.63→1.67 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Mean I/σ(I) obs: 12 / Rsym value: 0.104 / % possible all: 79.4 |
反射 | *PLUS Num. obs: 56582 / Num. measured all: 264395 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 79.4 % / Mean I/σ(I) obs: 12 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: BETA CHAIN FROM PDB ENTRY 1LIA 解像度: 1.63→20 Å / SU B: 1.506 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 8.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.63→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 3 % / Rfactor obs: 0.149 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 8.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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