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万見
- PDB-1qd3: HIV-1 TAR RNA/NEOMYCIN B COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qd3
タイトルHIV-1 TAR RNA/NEOMYCIN B COMPLEX
要素HIV-1 TAR RNA
キーワードRNA / HIV-1 / AMINOGLYCOSIDE-RNA-COMPLEX / MINOR GROOVE BINDING
機能・相同性2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranose / 2-DEOXYSTREPTAMINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Faber, C. / Sticht, H. / Roesch, P.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Structural rearrangements of HIV-1 Tat-responsive RNA upon binding of neomycin B.
著者: Faber, C. / Sticht, H. / Schweimer, K. / Rosch, P.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Binding of Neomycin to the Tar Element of HIV-1 RNA Induces Dissociation of Tat Protein by an Allosteric Mechanism
著者: Wang, S. / Huber, P.W. / Mei, C. / Czarnik, A.W. / Mei, H.Y.
履歴
登録1999年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nmr_software / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 TAR RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9594
ポリマ－9,3091
非ポリマー6513
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)17 / 100LOWEST ENERGY, AGREEMENT WITH EXPERIMENTAL DATA
代表モデル

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要素

#1: RNA鎖 HIV-1 TAR RNA


分子量: 9308.538 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 17-45 / 由来タイプ: 天然
詳細: NEOMYCIN B (RESIDUES BDG-CYY-RYB-IDG) COMPLEXED IN THE RNA MINOR GROOVE
由来: (天然) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 細胞株: Z2/CDC-Z34 ISOLATE
#2: 多糖 2,6-diamino-2,6-dideoxy-beta-L-idopyranose-(1-3)-alpha-D-ribofuranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 310.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a222h-1a_1-4][a2121h-1b_1-5_2*N_6*N]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Ribf]{[(3+1)][b-L-IdopN6N]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-BDG / 2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranose / O-2,6-DIAMINO-2,6-DIDEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE / 2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-D-glucose / 2,6-diamino-2,6-dideoxy-D-glucose / 2,6-diamino-2,6-dideoxy-glucose / 2,6-ジアミノ-2,6-ジデオキシ-α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 178.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14N2O4
識別子タイププログラム
DGlcpN[6N]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-GlcpN6NIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-CYY / 2-DEOXYSTREPTAMINE / 2-デオキシストレプタミン


分子量: 162.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14N2O3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121COSY
131TOCSY
141HSQC-NOESY
151(H)CCH-COSY
161(H)CCH-TOCSY
171XFILTERED-NOESY

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試料調製

詳細内容: D2O
試料状態イオン強度: 110 mM / pH: 6.4 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRX600BrukerDRX6006001
Bruker DMX750BrukerDMX7507502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
NDEE構造決定
Xndee構造決定
XPLOR構造決定
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY, AGREEMENT WITH EXPERIMENTAL DATA
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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