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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1q19 | ||||||
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タイトル | Carbapenam Synthetase | ||||||
![]() | CarA | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / CMPr / (2S / 5S)-5-carboxymethylproline / b-LS / b-lactam synthetase / AS-B / class B asparagine synthetase / AMP-CPP / a / b-methyleneadenosine 5-triphosphate / CEA / N2-(carboxyethyl)-L-arginine / CMA / N2-(carboxylmethyl)-L-arginine | ||||||
機能・相同性 | ![]() carbapenam-3-carboxylate synthase / asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / asparagine biosynthetic process / antibiotic biosynthetic process / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Miller, M.T. / Gerratana, B. / Stapon, A. / Townsend, C.A. / Rosenzweig, A.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Carbapenam Synthetase (CarA) 著者: Miller, M.T. / Gerratana, B. / Stapon, A. / Townsend, C.A. / Rosenzweig, A.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 401.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 327.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 81.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 106.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56054.000 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pET24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-APC / #4: 化合物 | ChemComp-SSC / ( #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.49 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 23-26 % (w/v) PEG 4000, 100 mM Na citrate, pH 5.6, 210-250 mM ammonium acetate, and 100 mM cesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月20日 |
放射 | モノクロメーター: Flat mirror (vertical focusing) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0024 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→49.83 Å / Num. all: 97443 / Num. obs: 86087 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 27.9 Å2 / Limit h max: 44 / Limit h min: -44 / Limit k max: 26 / Limit k min: -44 / Limit l max: 76 / Limit l min: 0 / Observed criterion F min: 6.9 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 7.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.368 / % possible all: 98.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 86108 / Num. measured all: 294337 / Rmerge(I) obs: 0.084 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / % possible obs: 98.3 % / Rmerge(I) obs: 0.368 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1Q15 解像度: 2.4→49.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 2286342.04 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 33.9229 Å2 / ksol: 0.363148 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 95.4 Å2 / Biso mean: 33.68 Å2 / Biso min: 6.77 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |