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万見
- PDB-1q19: Carbapenam Synthetase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q19
タイトルCarbapenam Synthetase
要素CarA
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / CMPr / (2S / 5S)-5-carboxymethylproline / b-LS / b-lactam synthetase / AS-B / class B asparagine synthetase / AMP-CPP / a / b-methyleneadenosine 5-triphosphate / CEA / N2-(carboxyethyl)-L-arginine / CMA / N2-(carboxylmethyl)-L-arginine
機能・相同性
機能・相同性情報


carbapenam-3-carboxylate synthase / asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / : / antibiotic biosynthetic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Carbapenam-3-carboxylate synthase, N-terminal / Carbapenam-3-carboxylate synthase, N-terminal / : / Asparagine synthase / Asparagine synthase / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / HUPs / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold ...Carbapenam-3-carboxylate synthase, N-terminal / Carbapenam-3-carboxylate synthase, N-terminal / : / Asparagine synthase / Asparagine synthase / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / HUPs / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / 4-Layer Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / (2S,5S)-5-CARBOXYMETHYLPROLINE / Carbapenam-3-carboxylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pectobacterium carotovorum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Miller, M.T. / Gerratana, B. / Stapon, A. / Townsend, C.A. / Rosenzweig, A.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of Carbapenam Synthetase (CarA)
著者: Miller, M.T. / Gerratana, B. / Stapon, A. / Townsend, C.A. / Rosenzweig, A.C.
履歴
登録2003年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CarA
B: CarA
C: CarA
D: CarA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,02716
ポリマ－224,2164
非ポリマー2,81112
水7,188399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16260 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area68860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.042, 61.951, 175.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
CarA


分子量: 56054.000 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pectobacterium carotovorum (バクテリア)
プラスミド: pET24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9XB61
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 505.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物
ChemComp-SSC / (2S,5S)-5-CARBOXYMETHYLPROLINE


分子量: 173.167 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H11NO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.49 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 23-26 % (w/v) PEG 4000, 100 mM Na citrate, pH 5.6, 210-250 mM ammonium acetate, and 100 mM cesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMTris1droppH7.5
2100 mM1dropNaCl
30.4 ml/minprotein1drop
430 %(w/v)PEG33501reservoir
515 %(v/v)glycerol1reservoir
6100 mMsodium citrate1reservoirpH5.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1.0024 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月20日
放射モノクロメーター: Flat mirror (vertical focusing) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0024 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49.83 Å / Num. all: 97443 / Num. obs: 86087 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 27.9 Å2 / Limit h max: 44 / Limit h min: -44 / Limit k max: 26 / Limit k min: -44 / Limit l max: 76 / Limit l min: 0 / Observed criterion F min: 6.9 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.368 / % possible all: 98.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 86108 / Num. measured all: 294337 / Rmerge(I) obs: 0.084
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / % possible obs: 98.3 % / Rmerge(I) obs: 0.368

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1Q15

1q15


解像度: 2.4→49.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 2286342.04 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 8627 10 %Random
Rwork0.22 ---
all0.22 86841 --
obs0.27 86087 99.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 33.9229 Å2 / ksol: 0.363148 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 95.4 Å2 / Biso mean: 33.68 Å2 / Biso min: 6.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.1 Å20 Å20.04 Å2
2---5.97 Å20 Å2
3---1.87 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.28 Å
Luzzati d res high-2.4
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15704 0 176 399 16279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg0.72
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.4-2.510.335110310.50.27394520.01107761055597.9
2.51-2.640.32810359.80.26495440.01107601057998.3
2.64-2.810.31110549.90.24896240.01108061067898.8
2.81-3.020.305110510.30.24796290.009107971073499.4
3.02-3.330.2910749.90.23697270.009108421080199.6
3.33-3.810.259110010.20.21897320.008108621083299.7
3.81-4.80.23710579.70.18198140.007109191087199.6
4.8-49.830.2451099100.20199380.007111471103799
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4lig.paramlig.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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