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- PDB-1px0: Crystal structure of the haloalcohol dehalogenase HheC complexed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1px0
タイトルCrystal structure of the haloalcohol dehalogenase HheC complexed with the haloalcohol mimic (R)-1-para-nitro-phenyl-2-azido-ethanol
要素halohydrin dehalogenase
キーワードLYASE / HALOALCOHOL DEHALOGENASE / HALOHYDRIN DEHALOGENASE / HALOHYDRIN HYDROGEN-HALIDE LYASE / SDR FAMILY / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE / ROSSMANN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(R)-1-PARA-NITRO-PHENYL-2-AZIDO-ETHANOL / Halohydrin dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者de Jong, R.M. / Tiesinga, J.J.W. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Tang, L. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2003
タイトル: Structure and Mechanism of a Bacterial Haloalcohol Dehalogenase: a new variation of the short-chain dehydrogenase/reductase fold without an NAD(P)H binding site
著者: de Jong, R.M. / Tiesinga, J.J.W. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Tang, L. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録2003年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: halohydrin dehalogenase
B: halohydrin dehalogenase
C: halohydrin dehalogenase
D: halohydrin dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,7518
ポリマ－111,9194
非ポリマー8334
水16,250902
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19020 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area30730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.703, 71.843, 97.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The second part of the tetrameric biological assembly is generated by the two fold axis

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要素

#1: タンパク質
halohydrin dehalogenase


分子量: 27979.666 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
プラスミド: pGEF / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q93D82
#2: 化合物
ChemComp-RPN / (R)-1-PARA-NITRO-PHENYL-2-AZIDO-ETHANOL


分子量: 208.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8N4O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 902 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: ammonium sulfate, bis-tris buffer, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17.5 mg/mlprotein1drop
250 mM1reservoirNaBr

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→25 Å / Num. obs: 78669 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 8.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 7407 / Rsym value: 0.217 / % possible all: 93.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 1029109
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2 Å / % possible obs: 93.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
CNX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PWX

1pwx


解像度: 1.9→29.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2847900.29 / Data cutoff high rms absF: 2847900.29 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 4547 5.8 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.184 78666 98.5 %-
all-83213 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.8007 Å2 / ksol: 0.385201 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.11 Å20 Å21.48 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3----0.92 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.225 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7668 0 60 904 8632
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.97
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.031.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.272.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 719 5.8 %
Rwork0.186 11747 -
obs-7407 94.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5RNSAA2.PARAMRNSAA2.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.196 / Rfactor Rwork: 0.169
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.37
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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