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万見
- PDB-1pjx: 0.85 ANGSTROM STRUCTURE OF SQUID GANGLION DFPASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pjx
タイトル0.85 ANGSTROM STRUCTURE OF SQUID GANGLION DFPASE
要素DIISOPROPYLFLUOROPHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE / PHOSPHOTRIESTERASE (PTE) / NITROGEN-CALCIUM COORDINATION / BETA-PROPELLER / BOND-LENGTH AND BOND-ANGLE RESTRAINTS / TORSION ANGLES / ROTAMER CLASSIFICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


diisopropyl-fluorophosphatase / diisopropyl-fluorophosphatase activity / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / TolB, C-terminal domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIMETHOXYETHANE / 1-ETHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE / 2-METHOXYETHANOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Diisopropyl-fluorophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Loligo vulgaris (イカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.85 Å
データ登録者Koepke, J. / Rueterjans, H. / Luecke, C. / Fritzsch, G.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Statistical analysis of crystallographic data obtained from squid ganglion DFPase at 0.85 A resolution.
著者: Koepke, J. / Scharff, E.I. / Lucke, C. / Ruterjans, H. / Fritzsch, G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Crystallization and Preliminary X-ray Crystallographic Analysis of DFPase from Loligo Vulgaris
著者: Scharff, E.I. / Luecke, C. / Fritzsch, G. / Koepke, J. / Hartleib, J. / Dierl, S. / Rueterjans, H.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of Diisopropylfluorophosphatase from Loligo Vulgaris
著者: Scharff, E.I. / Koepke, J. / Fritzsch, G. / Luecke, C. / Rueterjans, H.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Atomic Resolution Crystal Structure of Squid Ganglion DFPase
著者: Koepke, J. / Scharff, E.I. / Luecke, C. / Rueterjans, H. / Fritzsch, G.
履歴
登録2003年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIISOPROPYLFLUOROPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,35525
ポリマ－35,1211
非ポリマー2,23524
水8,629479
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.114, 81.849, 86.467
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DIISOPROPYLFLUOROPHOSPHATASE / DFPASE


分子量: 35120.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Loligo vulgaris (イカ) / 器官: HEAD GANGLION / プラスミド: PKKHISND / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7SIG4, EC: 3.1.8.2

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非ポリマー , 10種, 503分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ME2 / 1-ETHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE / 1-エトキシ-2-(2-メトキシエトキシ)エタン


分子量: 148.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O3
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物 ChemComp-DXE / 1,2-DIMETHOXYETHANE / 1,2-ジメトキシエタン


分子量: 90.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#8: 化合物 ChemComp-MXE / 2-METHOXYETHANOL / 2-メトキシエタノ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.34 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.84
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月1日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: TRIANGULAR SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.84 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.835→10 Å / Num. obs: 264548 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 5.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 0.835→0.85 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 77.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXL-97精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E1A

1e1a


解像度: 0.85→10 Å / Num. parameters: 29658 / Num. restraintsaints: 30675 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 0.04
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1284 2497 1 %RANDOM
all0.1109 240480 --
obs0.1206 240480 90.8 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 63 / Occupancy sum hydrogen: 2047.3 / Occupancy sum non hydrogen: 2921.39
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.85→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2459 0 142 479 3080
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.061
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0336
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.079
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.208
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.049
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.089

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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