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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nht | ||||||
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タイトル | ENTRAPMENT OF 6-THIOPHOSPHORYL-IMP IN THE ACTIVE SITE OF CRYSTALLINE ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE FROM ESCHERICHIA COLI DATA COLLECTED AT 100K | ||||||
![]() | ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE | ||||||
![]() | LIGASE / SYNTHETASE / PURINE NUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS / GTP-HYDROLYSING ENZYMES | ||||||
機能・相同性 | ![]() adenylosuccinate synthase / adenylosuccinate synthase activity / adenosine biosynthetic process / IMP metabolic process / 'de novo' AMP biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / purine nucleotide biosynthetic process / guanosine tetraphosphate binding / DNA damage response / GTP binding ...adenylosuccinate synthase / adenylosuccinate synthase activity / adenosine biosynthetic process / IMP metabolic process / 'de novo' AMP biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / purine nucleotide biosynthetic process / guanosine tetraphosphate binding / DNA damage response / GTP binding / magnesium ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Poland, B.W. / Bruns, C.A. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Entrapment of 6-thiophosphoryl-IMP in the active site of crystalline adenylosuccinate synthetase from Escherichia coli. 著者: Poland, B.W. / Bruns, C. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B. #1: ![]() タイトル: Refined Crystal Structures of Unligated Adenylosuccinate Synthetase from Escherichia Coli 著者: Silva, M.M. / Poland, B.W. / Hoffman, C.R. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B. #2: ![]() タイトル: Crystal Structure of Adenylosuccinate Synthetase from Escherichia Coli. Evidence for Convergent Evolution of GTP-Binding Domains 著者: Poland, B.W. / Silva, M.M. / Serra, M.A. / Cho, Y. / Kim, K.H. / Harris, E.M. / Honzatko, R.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 140.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 110.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 47269.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: A GIFT FROM DR. B. BACHMAN, GENETIC CENTER, YALE UNIVERSITY 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 458分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/HDA.gif)
![](data/chem/img/PGS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/HDA.gif)
![](data/chem/img/PGS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#3: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#4: 化合物 | ChemComp-HDA / |
#5: 化合物 | ChemComp-PGS / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.72 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 100 K / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年5月5日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 22201 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.079 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Num. measured all: 161473 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.61 Å / % possible obs: 96 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→5 Å 詳細: THERE ARE TWO REGIONS THAT ARE DISORDERED AT POSITIONS 121 - 130, 298 - 303 AND ONE RESIDUE 416 THAT DIVERGE FROM THE DNA SEQUENCE GIVEN IN PIR:A61592. RESIDUE 416 IS GLYCINE IN THE ENTRY.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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