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- PDB-1nen: Complex II (Succinate Dehydrogenase) From E. Coli with Dinitrophe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nen
タイトルComplex II (Succinate Dehydrogenase) From E. Coli with Dinitrophenol-17 inhibitor co-crystallized at the ubiquinone binding site
要素(Succinate dehydrogenase ...) x 4
キーワードOXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / membrane protein / respiratory complex / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


succinate dehydrogenase activity / respiratory chain complex II (succinate dehydrogenase) / succinate dehydrogenase (quinone) activity / succinate dehydrogenase / cytochrome complex assembly / aerobic electron transport chain / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / ubiquinone binding / iron-sulfur cluster binding ...succinate dehydrogenase activity / respiratory chain complex II (succinate dehydrogenase) / succinate dehydrogenase (quinone) activity / succinate dehydrogenase / cytochrome complex assembly / aerobic electron transport chain / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / ubiquinone binding / iron-sulfur cluster binding / tricarboxylic acid cycle / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Succinate dehydrogenase, hydrophobic membrane anchor / succinate dehydrogenase protein domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain / Succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit, conserved site / Succinate dehydrogenase cytochrome b subunit signature 1. / Succinate dehydrogenase cytochrome b subunit signature 2. / Succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit / Succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit / Alpha-helical ferredoxin ...Succinate dehydrogenase, hydrophobic membrane anchor / succinate dehydrogenase protein domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain / Succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit, conserved site / Succinate dehydrogenase cytochrome b subunit signature 1. / Succinate dehydrogenase cytochrome b subunit signature 2. / Succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit / Succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit / Alpha-helical ferredoxin / Fumarate Reductase Iron-sulfur Protein; Chain B, domain 2 / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase type B, transmembrane subunit / Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase transmembrane subunit / 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase, flavoprotein subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, FAD-binding site / Fumarate reductase / succinate dehydrogenase FAD-binding site. / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit / : / 4Fe-4S dicluster domain / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase iron-sulphur protein / FAD-dependent oxidoreductase SdhA/FrdA/AprA / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1 / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain / Succinate dehydogenase/fumarate reductase N-terminal / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal / Fumarate reductase flavoprotein C-term / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain superfamily / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / Rhinovirus 14, subunit 4 / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain / Alpha-helical ferredoxin / Beta-grasp domain / Beta-grasp domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / 2-[1-METHYLHEXYL]-4,6-DINITROPHENOL / Chem-EPH / FE3-S4 CLUSTER / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXALOACETATE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit ...CARDIOLIPIN / 2-[1-METHYLHEXYL]-4,6-DINITROPHENOL / Chem-EPH / FE3-S4 CLUSTER / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXALOACETATE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit / Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit / Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor subunit / Succinate dehydrogenase cytochrome b556 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Yankovskaya, V. / Horsefield, R. / Tornroth, S. / Luna-Chavez, C. / Miyoshi, H. / Leger, C. / Byrne, B. / Cecchini, G. / Iwata, S.
引用ジャーナル: Science / 年: 2003
タイトル: Architecture of succinate dehydrogenase and reactive oxygen species generation
著者: Yankovskaya, V. / Horsefield, R. / Tornroth, S. / Luna-Chavez, C. / Miyoshi, H. / Leger, C. / Byrne, B. / Cecchini, G. / Iwata, S.
履歴
登録2002年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN THE HET GROUP CDN WAS NAMED CARDIOLIPIN WHICH IS A GENERIC NAME FOR THIS TYPE OF LIPID. ...HETEROGEN THE HET GROUP CDN WAS NAMED CARDIOLIPIN WHICH IS A GENERIC NAME FOR THIS TYPE OF LIPID. THE 4 TAILS OF THE MOLECULE ARE DISORDERED IN THE STRUCTURE AND THEIR EXACT LENGTH CAN NOT ASCERTAINED MAKING IT DIFFICULT TO ASSIGN AN EXACT NAME.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit
B: Succinate dehydrogenase iron-sulfur protein
C: Succinate dehydrogenase cytochrome b-556 subunit
D: Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,07115
ポリマ－118,4914
非ポリマー4,58011
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19330 Å2
ΔGint-193 kcal/mol
Surface area39760 Å2
手法PISA
2
A: Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit
B: Succinate dehydrogenase iron-sulfur protein
C: Succinate dehydrogenase cytochrome b-556 subunit
D: Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor protein
ヘテロ分子

A: Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit
B: Succinate dehydrogenase iron-sulfur protein
C: Succinate dehydrogenase cytochrome b-556 subunit
D: Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor protein
ヘテロ分子

A: Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit
B: Succinate dehydrogenase iron-sulfur protein
C: Succinate dehydrogenase cytochrome b-556 subunit
D: Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)369,21445
ポリマ－355,47412
非ポリマー13,74133
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
Buried area65500 Å2
ΔGint-625 kcal/mol
Surface area111780 Å2
手法PISA
3
A: Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit
B: Succinate dehydrogenase iron-sulfur protein
C: Succinate dehydrogenase cytochrome b-556 subunit
D: Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor protein
ヘテロ分子

A: Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit
B: Succinate dehydrogenase iron-sulfur protein
C: Succinate dehydrogenase cytochrome b-556 subunit
D: Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,14330
ポリマ－236,9828
非ポリマー9,16022
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_565x-y+2/3,-y+4/3,-z+1/31
Buried area40130 Å2
ΔGint-402 kcal/mol
Surface area78060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.8, 138.8, 521.9
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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Succinate dehydrogenase ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit


分子量: 64502.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: SDHA OR B0723 OR Z0877 OR ECS0748 / プラスミド: pfas / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AC41, EC: 1.3.99.1, succinate dehydrogenase
#2: タンパク質 Succinate dehydrogenase iron-sulfur protein


分子量: 26800.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: SDHB OR B0724 / プラスミド: pfas / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P07014, EC: 1.3.99.1, succinate dehydrogenase
#3: タンパク質 Succinate dehydrogenase cytochrome b-556 subunit


分子量: 14313.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: SDHC OR CYBA OR B0721 OR Z0875 OR ECS0746 / プラスミド: pfas / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69054
#4: タンパク質 Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor protein


分子量: 12874.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: SDHD OR B0722 / プラスミド: pfas / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AC44

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非ポリマー , 11種, 151分子

#5: 化合物 ChemComp-OAA / OXALOACETATE ION


分子量: 131.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3O5
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#8: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#9: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#10: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#11: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#12: 化合物 ChemComp-DNT / 2-[1-METHYLHEXYL]-4,6-DINITROPHENOL


分子量: 282.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H18N2O5
#13: 化合物 ChemComp-CDN / CARDIOLIPIN


分子量: 1151.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C58H120O17P2
#14: 化合物 ChemComp-EPH / L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 709.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H68NO8P / コメント: リン脂質*YM
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: Tris-HCl, CaCl2, PEG 400, BaCl2, ethylene glycol, DNP17, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.1 MTris-HCl1reservoirpH8.2
20.2 M1reservoirCaCl2
324-29 %PEG4001reservoir
40.01 M1reservoirBaCl2
53 %ethylene glycol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→40 Å / Num. all: 43562 / Num. obs: 42735 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.116
反射 シェル解像度: 2.9→2.96 Å / Rsym value: 0.428 / % possible all: 96.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 119504 / Rmerge(I) obs: 0.116
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.6 % / Rmerge(I) obs: 0.428

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→40 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.296 1253 Random
Rwork0.271 --
all0.271 43476 -
obs0.271 41793 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8297 0 258 140 8695
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 2.96 Å / Rfactor Rfree: 0.365 / Rfactor Rwork: 0.326

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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