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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mqi | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the GluR2 Ligand Binding Core (S1S2J) in Complex with Fluoro-Willardiine at 1.35 Angstroms Resolution | ||||||
要素 | glutamate receptor 2 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / ionotropic glutamate receptor / GluR2 / ligand binding core / S1S2 / partial agonist / willardiines / fluoro-willardiine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding ...spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / cellular response to glycine / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / glutamate-gated receptor activity / response to fungicide / presynaptic active zone membrane / glutamate-gated calcium ion channel activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / somatodendritic compartment / dendrite membrane / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / cytoskeletal protein binding / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / ionotropic glutamate receptor binding / dendrite cytoplasm / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / SNARE binding / dendritic shaft / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / PDZ domain binding / protein tetramerization / postsynaptic density membrane / establishment of protein localization / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / terminal bouton / receptor internalization / cerebral cortex development / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / signaling receptor activity / presynaptic membrane / amyloid-beta binding / growth cone / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / perikaryon / postsynaptic membrane / dendritic spine / postsynaptic density / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / synapse / protein-containing complex binding / protein kinase binding / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å | ||||||
データ登録者 | Jin, R. / Banke, T.G. / Mayer, M.L. / Traynelis, S.F. / Gouaux, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Neurosci. / 年: 2003 タイトル: Structural basis for partial agonist action at ionotropic glutamate receptors 著者: Jin, R. / Banke, T.G. / Mayer, M.L. / Traynelis, S.F. / Gouaux, E. #1: ジャーナル: Neuron / 年: 2000 タイトル: Mechanisms for activation and antagonism of an AMPA-sensitive glutamate receptor: Crystal structures of the GluR2 ligand binding core 著者: Armstrong, N. / Gouaux, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mqi.cif.gz | 69.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mqi.ent.gz | 54.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mqi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1mqi_validation.pdf.gz | 378.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1mqi_full_validation.pdf.gz | 380.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1mqi_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1mqi_validation.cif.gz | 12.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/1mqi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/1mqi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The entry contains one molecule which forms a dimer with crystallographic symmetry equivalent molecule in an adjacent asymmetric unit. The symmetry operation is (-x, -y, z) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29221.682 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding core (S1S2J) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: GluR-2 or GluR-B / プラスミド: PETGQ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) キーワード: The native GluR2 is a membrane protein. Transmembrane regions were genetically removed and replaced withy a Gly-Thr linker 参照: UniProt: P19491, UniProt: p19491 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FWD / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.03 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 8K, NaCl, Na Citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9746 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9746 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→30 Å / Num. obs: 57754 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.63 % / Biso Wilson estimate: 13.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.19 / Num. unique all: 3612 / % possible all: 52.1 |
反射 | *PLUS % possible obs: 91.1 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 52.1 % / Rmerge(I) obs: 0.19 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1FTM 解像度: 1.35→29.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1277179.33 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.393 Å2 / ksol: 0.383952 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→29.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.35→1.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Rfactor Rwork: 0.199 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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