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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1meg | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A CARICAIN D158E MUTANT IN COMPLEX WITH E-64 | ||||||
要素 | CARICAIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE / CYSTEINE PROTEINASE / THIOL PROTEASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 caricain / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Carica papaya (パパイア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Katerelos, N.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1996 タイトル: Crystal structure of a caricain D158E mutant in complex with E-64. 著者: Katerelos, N.A. / Taylor, M.A. / Scott, M. / Goodenough, P.W. / Pickersgill, R.W. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Rapid Kinetics Studies and Structural Determination of a Cysteine Proteinase Mutant Implies that Residue Asp 158 in Caricain Has a Major Effect Upon the Ability of the Active Site ...タイトル: Rapid Kinetics Studies and Structural Determination of a Cysteine Proteinase Mutant Implies that Residue Asp 158 in Caricain Has a Major Effect Upon the Ability of the Active Site Histidine to Protonate a Dipyridyl Probe 著者: Katerelos, A. / Goodenough, P.W. #2: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1994 タイトル: An Unequivocal Example of Cysteine Proteinase Activity Affected by Multiple Electrostatic Interactions 著者: Taylor, M.A. / Baker, K.C. / Connerton, I.F. / Cummings, N.J. / Harris, G.W. / Henderson, I.M. / Jones, S.T. / Pickersgill, R.W. / Sumner, I.G. / Warwicker, J. / al., et #3: ジャーナル: Gene / 年: 1993 タイトル: Nucleotide Sequence and Expression in Escherichia Coli of Cdnas Encoding Papaya Proteinase Omega from Carica Papaya 著者: Revell, D.F. / Cummings, N.J. / Baker, K.C. / Collins, M.E. / Taylor, M.A. / Sumner, I.G. / Pickersgill, R.W. / Connerton, I.F. / Goodenough, P.W. #4: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1992 タイトル: Active Papain Renatured and Processed from Insoluble Recombinant Propapain Expressed in Escherichia Coli 著者: Taylor, M.A. / Pratt, K.A. / Revell, D.F. / Baker, K.C. / Sumner, I.G. / Goodenough, P.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1meg.cif.gz | 52.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1meg.ent.gz | 40.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1meg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1meg_validation.pdf.gz | 645.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1meg_full_validation.pdf.gz | 648.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1meg_validation.xml.gz | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1meg_validation.cif.gz | 15.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/1meg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/1meg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23339.770 Da / 分子数: 1 / 変異: D158E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Carica papaya (パパイア) / プラスミド: PLYSS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PET / 参照: UniProt: P10056, caricain |
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#2: 化合物 | ChemComp-E64 / |
#3: 化合物 | ChemComp-EOH / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 |
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検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年11月10日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 12010 / % possible obs: 86 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 7.72 Å / % possible obs: 86 % / Num. measured all: 42446 / Rmerge(I) obs: 0.06 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→10 Å / σ(F): 2 詳細: ATOMS C13, C14, C15, N3, C16, N4 AND N5 OF E64 WERE NOT VISIBLE IN DENSITY BECAUSE OF THE HIGH MOBILITY OF THAT PART OF THE E-64 MOLECULE WHICH ACCOUNTS FOR THEIR HIGH TEMPERATURE FACTORS.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 10.15 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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