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万見
- PDB-1meg: CRYSTAL STRUCTURE OF A CARICAIN D158E MUTANT IN COMPLEX WITH E-64 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1meg
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A CARICAIN D158E MUTANT IN COMPLEX WITH E-64
要素CARICAIN
キーワードHYDROLASE / CYSTEINE PROTEINASE / THIOL PROTEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


caricain / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / : / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / : / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E64 / ETHANOL / Caricain
類似検索 - 構成要素
生物種Carica papaya (パパイア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Katerelos, N.A.
引用
ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of a caricain D158E mutant in complex with E-64.
著者: Katerelos, N.A. / Taylor, M.A. / Scott, M. / Goodenough, P.W. / Pickersgill, R.W.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Rapid Kinetics Studies and Structural Determination of a Cysteine Proteinase Mutant Implies that Residue Asp 158 in Caricain Has a Major Effect Upon the Ability of the Active Site ...タイトル: Rapid Kinetics Studies and Structural Determination of a Cysteine Proteinase Mutant Implies that Residue Asp 158 in Caricain Has a Major Effect Upon the Ability of the Active Site Histidine to Protonate a Dipyridyl Probe
著者: Katerelos, A. / Goodenough, P.W.
#2: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1994
タイトル: An Unequivocal Example of Cysteine Proteinase Activity Affected by Multiple Electrostatic Interactions
著者: Taylor, M.A. / Baker, K.C. / Connerton, I.F. / Cummings, N.J. / Harris, G.W. / Henderson, I.M. / Jones, S.T. / Pickersgill, R.W. / Sumner, I.G. / Warwicker, J. / al., et
#3: ジャーナル: Gene / 年: 1993
タイトル: Nucleotide Sequence and Expression in Escherichia Coli of Cdnas Encoding Papaya Proteinase Omega from Carica Papaya
著者: Revell, D.F. / Cummings, N.J. / Baker, K.C. / Collins, M.E. / Taylor, M.A. / Sumner, I.G. / Pickersgill, R.W. / Connerton, I.F. / Goodenough, P.W.
#4: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1992
タイトル: Active Papain Renatured and Processed from Insoluble Recombinant Propapain Expressed in Escherichia Coli
著者: Taylor, M.A. / Pratt, K.A. / Revell, D.F. / Baker, K.C. / Sumner, I.G. / Goodenough, P.W.
履歴
登録1996年5月4日処理サイト: BNL
改定 1.01997年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARICAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7463
ポリマ－23,3401
非ポリマー4062
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.450, 65.330, 64.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 CARICAIN / PAPAYA PROTEINASE / PROTEASE OMEGA


分子量: 23339.770 Da / 分子数: 1 / 変異: D158E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Carica papaya (パパイア) / プラスミド: PLYSS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PET / 参照: UniProt: P10056, caricain
#2: 化合物 ChemComp-E64 / N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE


分子量: 360.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H30N5O5
#3: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.2 %
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
113 mg/mlprotein1drop
210 mMTris1drop
329 %PEG10001reservoir
40.3 M1reservoir(NH4)2SO4

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年11月10日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 12010 / % possible obs: 86 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 7.72 Å / % possible obs: 86 % / Num. measured all: 42446 / Rmerge(I) obs: 0.06

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→10 Å / σ(F): 2
詳細: ATOMS C13, C14, C15, N3, C16, N4 AND N5 OF E64 WERE NOT VISIBLE IN DENSITY BECAUSE OF THE HIGH MOBILITY OF THAT PART OF THE E-64 MOLECULE WHICH ACCOUNTS FOR THEIR HIGH TEMPERATURE FACTORS.
Rfactor反射数
Rwork0.193 -
obs0.193 11858
原子変位パラメータBiso mean: 10.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1642 0 1 94 1737
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.74
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.56
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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