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- PDB-1m7q: Crystal structure of p38 MAP kinase in complex with a dihydroquin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m7q
タイトルCrystal structure of p38 MAP kinase in complex with a dihydroquinazolinone inhibitor
要素Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードTRANSFERASE / serine/threonine kinase / ATP-binding domain / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cyclase activity / stress-activated protein kinase signaling cascade / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cartilage condensation ...positive regulation of cyclase activity / stress-activated protein kinase signaling cascade / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cartilage condensation / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / Platelet sensitization by LDL / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of muscle cell differentiation / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / Myogenesis / glucose import / Activation of the AP-1 family of transcription factors / negative regulation of hippo signaling / ERK/MAPK targets / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / p38MAPK cascade / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / MAP kinase kinase activity / response to muramyl dipeptide / response to dietary excess / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / MAP kinase activity / regulation of ossification / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / mitogen-activated protein kinase / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of myoblast differentiation / chondrocyte differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / p38MAPK events / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of brown fat cell differentiation / osteoclast differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / placenta development / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / positive regulation of glucose import / stem cell differentiation / cellular response to ionizing radiation / NOD1/2 Signaling Pathway / response to insulin / bone development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / cellular senescence / platelet activation / cellular response to virus / spindle pole / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of protein import into nucleus / osteoblast differentiation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / glucose metabolic process / chemotaxis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cellular response to tumor necrosis factor / peptidyl-serine phosphorylation / protein phosphatase binding / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / cellular response to lipopolysaccharide / Oxidative Stress Induced Senescence / angiogenesis / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / transcription by RNA polymerase II / cell surface receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / regulation of transcription by RNA polymerase II / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / apoptotic process / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / : / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / : / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DQO / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Stelmach, J.E. / Liu, L. / Patel, S.B. / Pivnichny, J.V. / Scapin, G. / Singh, S. / Hop, C.E.C.A. / Wang, Z. / Cameron, P.M. / Nichols, E.A. ...Stelmach, J.E. / Liu, L. / Patel, S.B. / Pivnichny, J.V. / Scapin, G. / Singh, S. / Hop, C.E.C.A. / Wang, Z. / Cameron, P.M. / Nichols, E.A. / O'Keefe, S.J. / O'Neill, E.A. / Schmatz, D.M. / Schwartz, C.D. / Thompson, C.M. / Zaller, D.M. / Doherty, J.B.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2003
タイトル: Design and synthesis of potent, orally bioavailable dihydroquinazolinone inhibitors of p38 MAP kinase.
著者: Stelmach, J.E. / Liu, L. / Patel, S.B. / Pivnichny, J.V. / Scapin, G. / Singh, S. / Hop, C.E. / Wang, Z. / Strauss, J.R. / Cameron, P.M. / Nichols, E.A. / O'Keefe, S.J. / O'Neill, E.A. / ...著者: Stelmach, J.E. / Liu, L. / Patel, S.B. / Pivnichny, J.V. / Scapin, G. / Singh, S. / Hop, C.E. / Wang, Z. / Strauss, J.R. / Cameron, P.M. / Nichols, E.A. / O'Keefe, S.J. / O'Neill, E.A. / Schmatz, D.M. / Schwartz, C.D. / Thompson, C.M. / Zaller, D.M. / Doherty, J.B.
履歴
登録2002年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5843
ポリマ－41,9991
非ポリマー5852
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.516, 87.163, 124.939
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein kinase p38 / MAP kinase p38 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug ...Mitogen-activated protein kinase p38 / MAP kinase p38 / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug binding protein / CSAID binding protein / CSBP / MAX-interacting protein 2 / MAP kinase MXI2


分子量: 41998.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q16539, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DQO / 1-(2,6-DICHLOROPHENYL)-5-(2,4-DIFLUOROPHENYL)-7-PIPERAZIN-1-YL-3,4-DIHYDROQUINAZOLIN-2(1H)-ONE / 1-(2,6-ジクロロフェニル)-5-(2,4-ジフルオロフェニル)-7-ピペラジノ-3,4-ジヒドロキナゾリン-2((以下略)


分子量: 489.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H20Cl2F2N4O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Sodium citrate, Ammonium sulfate, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Wilson, K.P., (1996) J.Biol.Chem., 271, 27696.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
124 mg/mlprotein1drop
230 mMHEPES1drop
36 mMDTT1drop
40.06 M1dropNaCl
53 %glycerol1drop
616 mMNa HEPES1drop
70.224 Msodium citrate1drop
852 mMammonium sulfate1drop
940 mMNa HEPES1reservoir
100.56 Msodium citrate1reservoir
11130 mMammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→35 Å / Num. all: 20063 / Num. obs: 19421 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 41.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 2621 / % possible all: 79.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
X-GENデータ削減
CNS精密化
X-GENデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1WFC

1wfc


解像度: 2.4→25 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 897 5 %random
Rwork0.217 ---
obs-18392 91.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: mask / Bsol: 32.24 Å2 / ksol: 0.311 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.218 Å20 Å20 Å2
2--5.05 Å20 Å2
3----11.272 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2800 0 38 114 2952
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.37
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.31
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.904
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.422
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.4442.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9062.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9363
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.5 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.419 38 5 %
Rwork0.389 953 -
obs-991 50.1 %
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.31
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.904

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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