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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m1k | ||||||
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タイトル | Co-crystal structure of azithromycin bound to the 50S ribosomal subunit of Haloarcula marismortui | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / 50S / azithromycin / macrolide / Haloarcula | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / cytosolic ribosome / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / cytosolic ribosome / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / DNA repair / nucleotide binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Haloarcula marismortui (好塩性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Hansen, J.L. / Ippolito, J.A. / Ban, N. / Nissen, P. / Moore, P.B. / Steitz, T.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2002 タイトル: The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit. 著者: Hansen, J.L. / Ippolito, J.A. / Ban, N. / Nissen, P. / Moore, P.B. / Steitz, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1m1k.cif.gz | 2.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1m1k.ent.gz | 1.9 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1m1k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1m1k_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1m1k_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1m1k_validation.xml.gz | 333.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1m1k_validation.cif.gz | 521.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/1m1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/1m1k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 AB
#1: RNA鎖 | 分子量: 946034.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: GenBank: 3377779 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 39318.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: GenBank: 3377779 |
+RIBOSOMAL PROTEIN ... , 28種, 28分子 CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ1234
-非ポリマー , 7種, 8118分子
#31: 化合物 | ChemComp-ZIT / | ||||||||||
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#32: 化合物 | ChemComp-MG / #33: 化合物 | #34: 化合物 | ChemComp-NA / #35: 化合物 | ChemComp-CL / #36: 化合物 | ChemComp-CD / #37: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.41 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: PEG 6K, NaCl, EG, NH4+, MgCl2,, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 281K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 7.1 / 手法: back-extraction, 蒸気拡散法 / 詳細: Ban, N., (2000) Science, 289, 905. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月23日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 366469 / Num. obs: 366469 / % possible obs: 0.99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 47.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 30076 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.192 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 75 % / Rmerge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1JJ2 解像度: 3.2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.671 Å2 / ksol: 0.273835 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.246 / Rfactor Rwork: 0.208 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 3.3 Å |