+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l1h | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of the Quadruplex DNA-Drug Complex | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / G-Quadruplex / Oxytricha / four-stranded DNA | 機能・相同性 | : / Chem-PYN / DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Haider, S.M. / Parkinson, G.N. / Neidle, S. | ![]() ![]() タイトル: Structure of a G-quadruplex-Ligand Complex 著者: Haider, S.M. / Parkinson, G.N. / Neidle, S. 履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 27.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 18.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 591.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 594 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1jpqS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3805.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The sequence is naturally found in Oxytricha nova. #2: 化合物 | ChemComp-PYN / | #3: 化合物 | ChemComp-K / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.34 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS 温度: 12 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年2月6日 |
放射 | モノクロメーター: Copper / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→10 Å / Num. all: 6932 / Num. obs: 6932 / % possible obs: 94.04 % / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.058 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.109 / Mean I/σ(I) obs: 13.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 6540 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.8 % / Num. measured all: 24883 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.2 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1JPQ 解像度: 1.75→10 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→10 Å
| ||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 6540 / Rfactor Rfree: 0.2245 / Rfactor Rwork: 0.1511 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|