+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kw1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of 3-Keto-L-Gulonate 6-Phosphate Decarboxylase with bound L-gulonate 6-phosphate | ||||||
要素 | 3-Keto-L-Gulonate 6-Phosphate Decarboxylase | ||||||
キーワード | LYASE / beta/alpha-barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase / 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase activity / L-ascorbic acid catabolic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Wise, E. / Yew, W.S. / Babbitt, P.C. / Gerlt, J.A. / Rayment, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Homologous (beta/alpha)8-barrel enzymes that catalyze unrelated reactions: orotidine 5'-monophosphate decarboxylase and 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase. 著者: Wise, E. / Yew, W.S. / Babbitt, P.C. / Gerlt, J.A. / Rayment, I. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kw1.cif.gz | 97.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1kw1.ent.gz | 74.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kw1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1kw1_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1kw1_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1kw1_validation.xml.gz | 19.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1kw1_validation.cif.gz | 27.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/1kw1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/1kw1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
2 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23603.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P39304, 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.14 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 詳細: 18% MePEG 5000, 50 mM bis-Tris propane, pH 7.0, 25 mM L-gulonate 6-phosphate. micro-batch at 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 274 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2001年5月1日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Gobel mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 35323 / Num. obs: 32215 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.09 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 80 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 22847 / Num. measured all: 56895 / Rmerge(I) obs: 0.03 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 77.9 % / Rmerge(I) obs: 0.099 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1KV8 解像度: 2.2→30 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rfree: 0.212 / Rfactor Rwork: 0.18 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.2 |