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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ki7 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THYMIDINE KINASE FROM HERPES SIMPLEX VIRUS TYPE I COMPLEXED WITH 5-IODODEOXYURIDINE | ||||||
![]() | THYMIDINE KINASE | ||||||
![]() | PHOSPHOTRANSFERASE / THYMIDINE KINASE / VIRIDAE / DS-DNA ENVELOPED VIRUSES / HERPESVIRIDAE / ALPHAHERPESVIRINAE / SUBSTRATE ANALOG / 5-IODODEOXYURIDINE | ||||||
機能・相同性 | ![]() TMP biosynthetic process / thymidine kinase / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Champness, J.N. / Bennett, M.S. / Wien, F. / Visse, R. / Summers, W.C. / Sanderson, M.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Exploring the active site of herpes simplex virus type-1 thymidine kinase by X-ray crystallography of complexes with aciclovir and other ligands. 著者: Champness, J.N. / Bennett, M.S. / Wien, F. / Visse, R. / Summers, W.C. / Herdewijn, P. / de Clerq, E. / Ostrowski, T. / Jarvest, R.L. / Sanderson, M.R. #1: ![]() タイトル: 3'-Amino Thymidine Affinity Matrix for the Purification of Herpes Simplex Virus Thymidine Kinase 著者: Tung, P.P. / Respass, J. / Summers, W.C. #2: ![]() タイトル: Crystal Structures of the Thymidine Kinase from Herpes Simplex Virus Type-1 in Complex with Deoxythymidine and Ganciclovir 著者: Brown, D.G. / Visse, R. / Sandhu, G. / Davies, A. / Rizkallah, P.J. / Melitz, C. / Summers, W.C. / Sanderson, M.R. #3: ![]() タイトル: The Complete DNA Sequence of the Long Unique Region in the Genome of Herpes Simplex Virus Type 1 著者: Mcgeoch, D.J. / Dalrymple, M.A. / Davison, A.J. / Dolan, A. / Frame, M.C. / Mcnab, D. / Perry, L.J. / Scott, J.E. / Taylor, P. #4: ![]() タイトル: Purification and Crystallization of Thymidine Kinase from Herpes Simplex Virus Type 1 著者: Sanderson, M.R. / Freemont, P.S. / Murthy, H.M. / Krane, J.F. / Summers, W.C. / Steitz, T.A. #5: ![]() タイトル: Nucleotide Sequence of the Thymidine Kinase Gene of Herpes Simplex Virus Type 1 著者: Wagner, M.J. / Sharp, J.A. / Summers, W.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 132.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 103.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.93047, 0.31807, 0.18181), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35779.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Simplexvirus / 生物種: Human herpesvirus 1 / 株: 17 / 遺伝子: TK / プラスミド: PT7\:HSVTK / 遺伝子 (発現宿主): TK / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P03176, UniProt: P0DTH5*PLUS, thymidine kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HANGING-DROP: 8ML PROTEIN SOLUTION PLUS 4ML PRECIPITATING SOLUTION EQUILIBRATED AGAINST PRECIPITATING SOLUTION AT 25 C. PROTEIN SOLUTION: HSV-TK 1.0MG/ML; 40MM TRIS-CL PH 7.5; 3MM DTT; 0.2MM ...詳細: HANGING-DROP: 8ML PROTEIN SOLUTION PLUS 4ML PRECIPITATING SOLUTION EQUILIBRATED AGAINST PRECIPITATING SOLUTION AT 25 C. PROTEIN SOLUTION: HSV-TK 1.0MG/ML; 40MM TRIS-CL PH 7.5; 3MM DTT; 0.2MM DT. PRECIPITATING SOLUTION: 30% SATURATED AMMONIUM SULPHATE; 200MM TRIS-CL PH 6.75; 3MM DTT; 0.2 MM DT. THE EXCHANGE OF DEOXYTHYMIDINE BOUND TO THE PROTEIN FOR 5-IODODEOXYURIDINE WAS MADE BY WASHING THE CRYSTALS FIVE TIMES IN A 3 ML SOLUTION (33% SATURATED AMMONIUM SULPHATE; 100MM TRIS-CL PH 6.75) CONTAINING 5-IODODEOXYURIDINE., vapor diffusion - hanging drop PH範囲: 6.75-7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年8月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: OTWINOWSKI MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.15 Å / Num. obs: 38252 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 23.4 Å2 / Rsym value: 0.07 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.25 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 93 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 解像度: 2.2→12 Å / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL B-FACTOR REFT. / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 5 詳細: NCS RESTRAINTS NOT USED IN FINAL CYCLES. IN C-TERMINAL PORTIONS OF MODELLED SEGMENTS, PEPTIDE HAS BECOME SIGNIFICANTLY NON-PLANAR.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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