[日本語] English
万見
- PDB-1jsz: Crystal Structure Analysis of N7,9-dimethylguanine-VP39 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jsz
タイトルCrystal Structure Analysis of N7,9-dimethylguanine-VP39 complex
要素VP39
キーワードTRANSFERASE / VP39 / mRNA Cap-binding protein / methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mRNA 3'-end processing / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / methyltransferase cap1 / methylation / methyltransferase cap1 activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
mRNA methyltransferase-like / Poxvirus/kinetoplastid-type cap-specific nucleoside 2-O-methyltransferase / Poxvirus cap-specific nucleoside 2-O-methyltransferase / Poly A polymerase regulatory subunit / Poxvirus/kinetoplastid-type ribose 2'-O-methyltransferase (EC 2.1.1.57) family profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7,9-DIMETHYLGUANINE / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ウイルス)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Hu, G. / Oguro, A. / Gershon, P.D. / Quiocho, F.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: The "cap-binding slot" of an mRNA cap-binding protein: quantitative effects of aromatic side chain choice in the double-stacking sandwich with cap.
著者: Hu, G. / Oguro, A. / Li, C. / Gershon, P.D. / Quiocho, F.A.
履歴
登録2001年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: VP39
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4903
ポリマ－35,9211
非ポリマー5692
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.300, 67.700, 79.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 VP39 / POLY(A) POLYMERASE REGULATORY SUBUNIT


分子量: 35921.438 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-307 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ウイルス) / 属: Orthopoxvirus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07617, polynucleotide adenylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-NDM / 7,9-DIMETHYLGUANINE


分子量: 184.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14N5O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PEG 8000, sodium citrate, ammonium sulphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
手法: unknown / 詳細: Hodel, A.E., (1996) Cell(Cambridge,Mass.), 85, 247.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 %PEG800011
20.125 M11AmSO4
30.1 Mcitrate11

-
データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: CCD / 日付: 1999年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→50 Å / Num. all: 23277 / Num. obs: 22339 / % possible obs: 73.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.93→1.99 Å / % possible all: 50
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.081

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
SAINT(SIEMENS)データ削減
SAINT(SIEMENS)データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.93→8 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 2301 10.9697 %random
Rwork0.21 ---
all0.224 23266 --
obs0.214 20976 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2402 0 39 166 2607
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.58
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.38
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.36
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.012
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 12 -
Rwork0.32 --
obs-140 50 %
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.224 / Rfactor obs: 0.214 / Rfactor Rfree: 0.252 / Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.38
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.36
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.36 / Rfactor Rwork: 0.32

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る