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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jcm | ||||||
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タイトル | TRPC STABILITY MUTANT CONTAINING AN ENGINEERED DISULPHIDE BRIDGE AND IN COMPLEX WITH A CDRP-RELATED SUBSTRATE | ||||||
![]() | INDOLE-3-GLYCEROL-PHOSPHATE SYNTHASE | ||||||
![]() | LYASE / beta-alpha-barrel / disulphide bridge / stability mutant | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphoribosylanthranilate isomerase / indole-3-glycerol-phosphate synthase / indole-3-glycerol-phosphate synthase activity / phosphoribosylanthranilate isomerase activity / tryptophan biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ivens, A. / Mayans, O. / Szadkowski, H. / Wilmanns, M. / Kirschner, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Stabilization of a (betaalpha)8-barrel protein by an engineered disulfide bridge. 著者: Ivens, A. / Mayans, O. / Szadkowski, H. / Jurgens, C. / Wilmanns, M. / Kirschner, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28916.039 Da / 分子数: 1 断片: N-TERMINAL DOMAIN (1-259 AA) OF THE BIFUNCTIONAL ENZYME ANTHRANILATE ISOMERASE, IGPS:PRAI 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: GenBank: 775124, UniProt: P00909*PLUS, indole-3-glycerol-phosphate synthase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | ChemComp-137 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.81 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 50 mM potassium phosphate pH 5.0, 1.2 M ammonium sulphate, 5 mM EDTA, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 8 ℃ / 詳細: Wilmanns, M., (1990) Protein Eng., 3, 173. / pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.911 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 17306 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 52.7 Å2 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 24.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 935 / Rsym value: 0.25 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 93.7 % / Rmerge(I) obs: 0.041 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 78 % / Rmerge(I) obs: 0.25 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å /
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.241 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.44 |