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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1j9b | ||||||
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タイトル | ARSENATE REDUCTASE+0.4M ARSENITE FROM E. COLI | ||||||
![]() | ARSENATE REDUCTASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ARSC / REDUCTASE / ARSENITE / ARSENATE | ||||||
機能・相同性 | ![]() arsenate reductase (glutathione/glutaredoxin) / arsenate reductase (glutaredoxin) activity / response to arsenic-containing substance 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Martin, P. / Edwards, B.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Insights into the structure, solvation, and mechanism of ArsC arsenate reductase, a novel arsenic detoxification enzyme. 著者: Martin, P. / DeMel, S. / Shi, J. / Gladysheva, T. / Gatti, D.L. / Rosen, B.P. / Edwards, B.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 87 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 438.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15940.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.94 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: CESIUM SULFATE, ACETATE, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K | ||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 5 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月20日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.26→20 Å / Num. all: 70105 / Num. obs: 55804 / % possible obs: 79.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 12.155 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 23.6 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.26→1.33 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 11094 / Rsym value: 0.684 / % possible all: 34.4 | |||||||||
反射 | *PLUS Num. obs: 51735 / % possible obs: 90.1 % / Num. measured all: 363771 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NATIVE STRUCTURE 解像度: 1.26→20 Å / Num. parameters: 13220 / Num. restraintsaints: 15398 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 1.93%
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.098 Å / Num. disordered residues: 9 / Occupancy sum hydrogen: 1110.55 / Occupancy sum non hydrogen: 1398.83 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.26→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor all: 0.14 / Rfactor obs: 0.128 / Rfactor Rfree: 0.166 / Rfactor Rwork: 0.146 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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