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- PDB-1j9b: ARSENATE REDUCTASE+0.4M ARSENITE FROM E. COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j9b
タイトルARSENATE REDUCTASE+0.4M ARSENITE FROM E. COLI
要素ARSENATE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / ARSC / REDUCTASE / ARSENITE / ARSENATE
機能・相同性
機能・相同性情報


arsenate reductase (glutathione/glutaredoxin) / arsenate reductase (glutaredoxin) activity / response to arsenic-containing substance
類似検索 - 分子機能
Arsenate reductase / Arsenate reductase-like / ArsC family / ArsC family profile. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / TRIHYDROXYARSENITE(III) / Arsenate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.26 Å
データ登録者Martin, P. / Edwards, B.F.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Insights into the structure, solvation, and mechanism of ArsC arsenate reductase, a novel arsenic detoxification enzyme.
著者: Martin, P. / DeMel, S. / Shi, J. / Gladysheva, T. / Gatti, D.L. / Rosen, B.P. / Edwards, B.F.
履歴
登録2001年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_special_symmetry / software / struct_conn
Item: _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARSENATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7838
ポリマ－15,9401
非ポリマー8437
水5,729318
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: ARSENATE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: ARSENATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,56616
ポリマ－31,8802
非ポリマー1,68514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+5/61
Buried area3710 Å2
ΔGint-206 kcal/mol
Surface area13490 Å2
手法PISA, PQS
3
A: ARSENATE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: ARSENATE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,56616
ポリマ－31,8802
非ポリマー1,68514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_566x,x-y+1,-z+7/61
Buried area3430 Å2
ΔGint-185 kcal/mol
Surface area13550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.613, 86.613, 116.672
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

CS

21A-1301-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ARSENATE REDUCTASE


分子量: 15940.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: R773 / 参照: UniProt: P08692
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CS / CESIUM ION


分子量: 132.905 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#4: 化合物 ChemComp-TAS / TRIHYDROXYARSENITE(III)


分子量: 125.944 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AsH3O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.94 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: CESIUM SULFATE, ACETATE, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
結晶化
*PLUS
温度: 5 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
11.2 M1dropCs2SO4
2100 mMammonium acetate1droppH4.8
330 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月20日
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
211
反射解像度: 1.26→20 Å / Num. all: 70105 / Num. obs: 55804 / % possible obs: 79.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 12.155 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 1.26→1.33 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 11094 / Rsym value: 0.684 / % possible all: 34.4
反射
*PLUS
Num. obs: 51735 / % possible obs: 90.1 % / Num. measured all: 363771

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
XTALVIEW精密化
XDSデータ削減
X-GENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: NATIVE STRUCTURE

解像度: 1.26→20 Å / Num. parameters: 13220 / Num. restraintsaints: 15398 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 1.93%
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1747 2599 -RANDOM
Rwork0.1342 ---
all0.1397 49199 --
obs0.1276 42030 85.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.098 Å / Num. disordered residues: 9 / Occupancy sum hydrogen: 1110.55 / Occupancy sum non hydrogen: 1398.83
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.26→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1087 0 21 318 1426
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0297
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.062
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.074
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.067
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.054
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.096
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor all: 0.14 / Rfactor obs: 0.128 / Rfactor Rfree: 0.166 / Rfactor Rwork: 0.146
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.074

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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