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- PDB-1j1n: Structure Analysis of AlgQ2, A Macromolecule(Alginate)-Binding Pe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j1n
タイトルStructure Analysis of AlgQ2, A Macromolecule(Alginate)-Binding Periplasmic Protein Of Sphingomonas Sp. A1., Complexed with an Alginate Tetrasaccharide
要素AlgQ2
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / ALGINATE
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sphingomonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Momma, K. / Mikami, B. / Mishima, Y. / Hashimoto, W. / Murata, K.
引用
ジャーナル: J.BIOL.CHEM. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of AlgQ2, a macromolecule (alginate)-binding protein of Sphingomonas sp. A1, complexed with an alginate tetrasaccharide at 1.6-A resolution
著者: Mishima, Y. / Momma, K. / Hashimoto, W. / Mikami, B. / Murata, K.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of AlgQ2, a macromolecule (alginate)-binding protein of Sphingomonas sp. A1 at 2.0A resolution
著者: Momma, K. / Mikami, B. / Mishima, Y. / Hashimoto, W. / Murata, K.
履歴
登録2002年12月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AlgQ2
B: AlgQ2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,0296
ポリマ－114,5032
非ポリマー1,5254
水15,421856
1
A: AlgQ2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0143
ポリマ－57,2521
非ポリマー7632
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AlgQ2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0143
ポリマ－57,2521
非ポリマー7632
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.630, 53.881, 114.924
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 AlgQ2 / alginate-binding protein


分子量: 57251.715 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-492 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sphingomonas sp. (バクテリア) / 株: A1 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 9501762, UniProt: Q9KWT5*PLUS
#2: 多糖 beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-alpha-L-gulopyranuronic acid- ...beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-alpha-L-gulopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-mannopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 722.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpAb1-4DManpAa1-4LGulpAa1-4DManpAa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a1122A-1a_1-5][a1121A-1a_1-5][a1122A-1b_1-5]/1-2-1-3/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-ManpA]{[(4+1)][a-L-GulpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-4-deoxy-ManpA]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 856 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 4000, ammmonium acetate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
詳細: Momma, K., (2002) J. Mol. Biol., 316, 1061.

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: OXFORD / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→61.57 Å / Num. all: 512032 / Num. obs: 159065 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / % possible all: 98.7
反射
*PLUS
最低解像度: 61.6 Å / Num. obs: 175841 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 7.4 % / Num. measured all: 559708 / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.6 % / Num. unique obs: 16776 / Num. measured obs: 47676 / Rmerge(I) obs: 0.242

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: apo AlgQ2 (1KWH)

1kwh


解像度: 1.6→28.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 1784538.71 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 14534 10 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.19 145984 98.9 %-
all-147621 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.5841 Å2 / ksol: 0.377847 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 13.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.58 Å20 Å2-0.76 Å2
2--1.64 Å20 Å2
3----1.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8092 0 98 856 9046
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.03
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.891.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.322
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.192
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.122.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 2361 9.9 %
Rwork0.22 21512 -
obs--97.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3PARAM3.CHO
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 61.6 Å / Rfactor Rfree: 0.211 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0053
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.27
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.03
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.65 Å / Rfactor Rwork: 0.22 / Num. reflection Rwork: 12879

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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