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- PDB-1il2: Crystal Structure of the E. coli Aspartyl-tRNA Synthetase:Yeast t... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1il2 | ||||||
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Title | Crystal Structure of the E. coli Aspartyl-tRNA Synthetase:Yeast tRNAasp:aspartyl-Adenylate Complex | ||||||
![]() |
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![]() | LIGASE/RNA / protein-rna complex / LIGASE-RNA COMPLEX | ||||||
Function / homology | ![]() aspartate-tRNA ligase / aspartyl-tRNA aminoacylation / aspartate-tRNA ligase activity / nucleic acid binding / ATP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Moulinier, L. / Eiler, S. / Eriani, G. / Gangloff, J. / Thierry, J.C. / Gabriel, K. / McClain, W.H. / Moras, D. | ||||||
![]() | ![]() Title: The structure of an AspRS-tRNA(Asp) complex reveals a tRNA-dependent control mechanism. Authors: Moulinier, L. / Eiler, S. / Eriani, G. / Gangloff, J. / Thierry, J.C. / Gabriel, K. / McClain, W.H. / Moras, D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 334.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 260.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: RNA chain | Mass: 24181.369 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 65996.312 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.51 Å3/Da / Density % sol: 64.97 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.7 Details: ammonium sulfate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | Name: ammonium sulfate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Details: Boeglin, M., (1996) Acta Crystallogr, D52, 211. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 120 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Detector: IMAGE PLATE |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→11.5 Å / Redundancy: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 45.7 Å2 / Rsym value: 3.7 |
Reflection | *PLUS Num. obs: 72094 / % possible obs: 92 % / Rmerge(I) obs: 0.037 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 80 % / Redundancy: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.216 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: T. thermophilus AspRS Resolution: 2.6→11.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1600037.05 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2
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Solvent computation | Solvent model: FLAT MODEL / Bsol: 47.14 Å2 / ksol: 0.365 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.3 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→11.5 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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Software | *PLUS Name: CNS / Version: 1 / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS σ(F): 2 / % reflection Rfree: 4.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS Biso mean: 46.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Rfactor Rfree: 0.373 / % reflection Rfree: 4.6 % / Rfactor Rwork: 0.318 |