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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i6v | ||||||
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タイトル | THERMUS AQUATICUS CORE RNA POLYMERASE-RIFAMPICIN COMPLEX | ||||||
要素 | (DNA-DIRECTED RNA ...) x 4 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / TRANSFERASE / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE / 3D- STRUCTURE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus aquaticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Campbell, E.A. / Korzheva, N. / Mustaev, A. / Murakami, K. / Goldfarb, A. / Darst, S.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001 タイトル: Structural mechanism for rifampicin inhibition of bacterial rna polymerase. 著者: Campbell, E.A. / Korzheva, N. / Mustaev, A. / Murakami, K. / Nair, S. / Goldfarb, A. / Darst, S.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1i6v.cif.gz | 565.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1i6v.ent.gz | 436.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1i6v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/1i6v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/1i6v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA-DIRECTED RNA ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 34846.895 Da / 分子数: 2 / 断片: ALPHA SUBUNIT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus aquaticus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9KWU8, DNA-directed RNA polymerase #2: タンパク質 | | 分子量: 124786.930 Da / 分子数: 1 / 断片: BETA SUBUNIT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus aquaticus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9KWU7, DNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | | 分子量: 141294.375 Da / 分子数: 1 / 断片: BETA-PRIME SUBUNIT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus aquaticus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9KWU6, DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | | 分子量: 11642.423 Da / 分子数: 1 / 断片: OMEGA SUBUNIT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus aquaticus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9EVV4, DNA-directed RNA polymerase |
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-非ポリマー , 3種, 3分子
#5: 化合物 | ChemComp-RFP / |
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#6: 化合物 | ChemComp-MG / |
#7: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.26 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Tris-HCl, Ammonium Sulfate, Magensium Chloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: drop consists of equal amounts of protein and reservoir solutions | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.03321 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03321 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→30 Å / Num. all: 87553 / Num. obs: 75420 / % possible obs: 86.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 100 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 10.67 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / Num. unique all: 6173 / % possible all: 71.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 214453 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 71.7 % / Num. unique obs: 6173 / Num. measured obs: 11549 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1DDQ 1ddq 解像度: 3.3→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→8 Å
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拘束条件 |
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