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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hpc | ||||||
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タイトル | REFINED STRUCTURES AT 2 ANGSTROMS AND 2.2 ANGSTROMS OF THE TWO FORMS OF THE H-PROTEIN, A LIPOAMIDE-CONTAINING PROTEIN OF THE GLYCINE DECARBOXYLASE | ||||||
![]() | H PROTEIN OF THE GLYCINE CLEAVAGE SYSTEM | ||||||
![]() | TRANSIT PEPTIDE | ||||||
機能・相同性 | ![]() glycine cleavage complex / glycine decarboxylation via glycine cleavage system / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Pares, S. / Cohen-Addad, C. / Sieker, L. / Neuburger, M. / Douce, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Refined structures at 2 and 2.2 A resolution of two forms of the H-protein, a lipoamide-containing protein of the glycine decarboxylase complex. 著者: Pares, S. / Cohen-Addad, C. / Sieker, L.C. / Neuburger, M. / Douce, R. #1: ![]() タイトル: The Lipoamide Arm in the Glycine Decarboxylase Complex is not Freely Swinging 著者: Cohen-Addad, C. / Pares, S. / Sieker, L. / Neuburger, M. / Douce, R. #2: ![]() タイトル: X-Ray Structure Determination at 2.6 Angstroms Resolution of a Lipoate-Containing Protein: The H-Protein of the Glycine Decarboxylase Complex from Pea Leaves 著者: Pares, S. / Cohen-Addad, C. / Sieker, L. / Neuburger, M. / Douce, R. #3: ![]() タイトル: Crystallographic Data for H-Protein from the Glycine Decarboxylase Complex 著者: Sieker, L. / Cohen-Addad, C. / Neuburger, M. / Douce, R. #4: ![]() タイトル: Cdna Cloning, Primary Structure and Gene Expression for H-Protein, a Component of the Glycine-Cleavage System (Glycine Decarboxylase) of Pea (Pisum Sativum) Leaf Mitochondria 著者: Macherel, D. / Lebrun, M. / Gagnon, J. / Neuburger, M. / Douce, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 397.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 401.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.3895, 0.566, 0.726), ベクター: 詳細 | THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*. | |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13962.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P16048, glycine dehydrogenase (aminomethyl-transferring) #2: 化合物 | ChemComp-LPB / | #3: 化合物 | ChemComp-LPA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.99 % | |||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 45 % | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 281 K / pH: 5.2 / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 17031 / % possible obs: 92 % |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. measured all: 87067 / Rmerge(I) obs: 0.081 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.1 Å / % possible obs: 80 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→8 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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