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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h41 | ||||||
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タイトル | Pseudomonas cellulosa E292A alpha-D-glucuronidase mutant complexed with aldotriuronic acid | ||||||
要素 | ALPHA-GLUCURONIDASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / GLUCURONIDASE / (ALPHA-BETA)8 BARREL / GLYCOSIDE HYDROLASE / GLUCURONIC ACID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucuronoxylan catabolic process / xylan alpha-1,2-glucuronosidase / xylan alpha-1,2-glucuronosidase activity / alpha-glucuronidase activity / cell outer membrane / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | PSEUDOMONAS CELLULOSA (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Nurizzo, D. / Nagy, T. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: The Alpha-Glucuronidase,Glca67A,of Cellvibrio Japonicus Utilizes the Carboxylate and Methyl Groups of Aldobiouronic Acid as Important Substrate Recognition Determinants 著者: Nagy, T. / Nurizzo, D. / Davies, G.J. / Biely, P. / Lakey, J.H. / Bolam, D.N. / Gilbert, H.J. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" AND "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" AND "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1h41.cif.gz | 327.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1h41.ent.gz | 263.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1h41.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1h41_validation.pdf.gz | 477.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1h41_full_validation.pdf.gz | 496.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1h41_validation.xml.gz | 68.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1h41_validation.cif.gz | 106 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/1h41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/1h41 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1gqiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 80381.562 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS CELLULOSA (バクテリア) プラスミド: PTN1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER (DE3) 参照: UniProt: Q8VP74, UniProt: B3PC73*PLUS, EC: 3.2.1.139 #2: 糖 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-CO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 詳細: 15% PEG3350, 250MM MGCL2, 5MM TRIS-HCL PH8.0, 20% GLYCEROL, pH 8.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Nurizzo, D., (2002) Structure, 10, 547. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9392 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9392 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 212953 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 20.06 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.215 / Mean I/σ(I) obs: 4.23 / % possible all: 52.9 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.047 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 52.9 % / 冗長度: 2.6 % / Num. unique obs: 8276 / Rmerge(I) obs: 0.237 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GQI 解像度: 1.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 0.943 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.76 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
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拘束条件 |
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