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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h2a | ||||||
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タイトル | SINGLE CRYSTALS OF HYDROGENASE FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS | ||||||
![]() | (HYDROGENASE) x 2 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NI-FE HYDROGENASE / SO LIGAND / HYDROGEN METABOLISM / MG CENTER / MIR / MAD | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space ...cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Higuchi, Y. / Yasuoka, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Unusual ligand structure in Ni-Fe active center and an additional Mg site in hydrogenase revealed by high resolution X-ray structure analysis. 著者: Higuchi, Y. / Yagi, T. / Yasuoka, N. #1: ![]() タイトル: Location of Active Sites of Nife Hydrogenase Determined by the Combination of Multiple Isomorphous Replacement and Multiwavelength Anomalous-Diffraction Methods 著者: Higuchi, Y. / Okamoto, T. / Fujimoto, K. / Misaki, S. / Morimoto, Y. / Yasouka, N. #2: ![]() タイトル: Single Crystals of Hydrogenase from Desulfovibrio Vulgaris Miyazaki F 著者: Higuchi, Y. / Yasuoka, N. / Kakudo, M. / Katsube, Y. / Yagi, T. / Inokuchi, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 180.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 138.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 421.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 SL
#1: タンパク質 | 分子量: 34148.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: IAM 12604 由来: (天然) ![]() 生物種: Desulfovibrio vulgaris / 株: MIYAZAKI F / 参照: UniProt: P21853, 1.18.99.1 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 62711.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: IAM 12604 由来: (天然) ![]() 生物種: Desulfovibrio vulgaris / 株: MIYAZAKI F / 参照: UniProt: P21852, 1.18.99.1 |
-非ポリマー , 5種, 643分子 ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/F3S.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NFE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/F3S.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NFE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-F3S / | #5: 化合物 | ChemComp-MG / | #6: 化合物 | ChemComp-NFE / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.4 / 手法: microdialysis / 詳細: Higuchi, Y., (1987) J.Biol.Chem., 262, 2823. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 280 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 251414 / % possible obs: 81.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.041 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å / % possible all: 46 |
反射 | *PLUS Num. obs: 63133 / Num. measured all: 251414 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 46 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() ![]() 解像度: 1.8→20 Å / σ(F): 1
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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