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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g65 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of epoxomicin:20s proteasome reveals a molecular basis for selectivity of alpha,beta-epoxyketone proteasome inhibitors | |||||||||
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![]() | HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / proteasome / epoxomicin / ubiquitin / ntn-hydolase / protease / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Ub-specific processing proteases / threonine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Groll, M. / Kim, K.B. / Kairies, N. / Huber, R. / Crews, C. | |||||||||
![]() | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2000 タイトル: Crystal Structure of Epoxomicin:20S Proteasome reveals a molecular basis for selectivity of alpha,beta-Epoxyketone Proteasome Inhibitors 著者: Groll, M. / Kim, K.B. / Kairies, N. / Crews, C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1rypS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | one 20S proteasome per asymmetric unit |
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要素
-Proteasome component ... , 14種, 28分子 AOBPCQDRESFTGUHVIWJXKYLZM1N2
#1: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 27050.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 26903.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 26544.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 25502.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 26892.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 27316.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #8: タンパク質 | 分子量: 23987.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 細胞内の位置: CYTOPLASM / 株: SC288 / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex #9: タンパク質 | 分子量: 22496.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #10: タンパク質 | 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #11: タンパク質 | 分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #12: タンパク質 | 分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #13: タンパク質 | 分子量: 25945.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #14: タンパク質 | 分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 34
#15: タンパク質・ペプチド | 分子量: 542.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: The natural product epoxomicin was isolated from an Actinomycetes strain |
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-非ポリマー , 2種, 2882分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#16: 化合物 | ChemComp-MG / #17: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | THE STARTING EPOXIDE RING OF EPOXOMICIN (CHAINS 3 AND 4) UNDERGOES RE-CYCLIZATION REACTION WITH THE ...THE STARTING EPOXIDE RING OF EPOXOMICIN |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.81 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.1M Mes, pH 6.8 11% MPD 25mM MgAc2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 24 ℃ / pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月19日 |
放射 | モノクロメーター: Silicium / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→20 Å / Num. all: 1336712 / Num. obs: 427960 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.34 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / % possible all: 91.1 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 1336712 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.35 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: wt yeast 20S proteasome (1RYP) 解像度: 2.25→20 Å / σ(F): 3 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 3 / Rfactor obs: 0.283 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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