ソフトウェア | 名称 | 分類 |
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CNS | 精密化 | FRAMBO | データ収集 | SIEMENS | データ削減 | SAINT | データスケーリング | CNS | 位相決定 |
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精密化 | 解像度: 1.89→43.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 11218917.4 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.257 | 4584 | 10.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.219 | - | - | - |
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all | - | 45480 | - | - |
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obs | - | 45480 | 84.7 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.22 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.7 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 1.97 Å2 | 4.35 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 1.97 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -3.94 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.3 Å | 0.25 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.28 Å | 0.24 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.89→43.14 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 4043 | 0 | 31 | 289 | 4363 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d0.006 | | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg1.4 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.6 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.76 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.35 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.05 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it2.87 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.89→2.01 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.331 | 579 | 9.9 % |
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Rwork | 0.296 | 5271 | - |
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obs | - | - | 65.9 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | ION.PARAMION.TOPX-RAY DIFFRACTION | 4 | PEP_A5P_MOD4.PEP_A5P.TOPH | | | | | | | |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 43 Å |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg22.9 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.77 | | | | | | |
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