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万見
- PDB-1fp1: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CHALCONE O-METHYLTRANSFERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fp1
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CHALCONE O-METHYLTRANSFERASE
要素ISOLIQUIRITIGENIN 2'-O-METHYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / protein-substrate / protein-product complex
機能・相同性
機能・相同性情報


isoliquiritigenin 2'-O-methyltransferase / licodione 2'-O-methyltransferase / licodione 2'-O-methyltransferase activity / isoliquiritigenin 2'-O-methyltransferase activity / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
Plant methyltransferase dimerisation / Dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Plant methyltransferase dimerisation / Dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2',4,4'-TRIHYDROXYCHALCONE / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Isoliquiritigenin 2'-O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Zubieta, C. / Dixon, R.A. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structures of two natural product methyltransferases reveal the basis for substrate specificity in plant O-methyltransferases.
著者: Zubieta, C. / He, X.Z. / Dixon, R.A. / Noel, J.P.
履歴
登録2000年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: ISOLIQUIRITIGENIN 2'-O-METHYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8193
ポリマ－41,1781
非ポリマー6412
水3,819212
1
D: ISOLIQUIRITIGENIN 2'-O-METHYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

D: ISOLIQUIRITIGENIN 2'-O-METHYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,6386
ポリマ－82,3562
非ポリマー1,2814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area10640 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area27150 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)125.119, 53.793, 73.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a dimer constructed from the monomer by a two-fold rotation.

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要素

#1: タンパク質 ISOLIQUIRITIGENIN 2'-O-METHYLTRANSFERASE / CHALCONE O-METHYLTRANSFERASE


分子量: 41178.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ)
プラスミド: PHIS8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P93324
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-HCC / 2',4,4'-TRIHYDROXYCHALCONE / 2′,4,4′-トリヒドロキシカルコン


分子量: 256.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 8000, ammonium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112 %(w/v)PEG80001reservoir
20.05 MHEPES1reservoir
30.3 Mammonium acetate1reservoir
42 mMdithiothreitol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.03
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→99 Å / Num. all: 36093 / Num. obs: 32682 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 2.88 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 1.82→1.85 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Num. unique all: 860 / % possible all: 48.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 94322
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 48 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 1.82→36.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1481320.39 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 1.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 1656 5.1 %RANDOM
Rwork0.226 ---
all0.26 36093 --
obs0.226 32682 90.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.48 Å2 / ksol: 0.3777 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.23 Å20 Å2-1.21 Å2
2--8.2 Å20 Å2
3----11.43 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→36.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2628 0 45 212 2885
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.331.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.852.5
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 235 5.8 %
Rwork0.352 3833 -
obs--68 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2THC1_PARA.TXTWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3SAH_PARA.TXTTHC1_TOPO.TXT
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMSAH_TOPO.TXT
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 38.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.376 / % reflection Rfree: 5.8 % / Rfactor Rwork: 0.352

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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