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万見
- PDB-1fm7: CHALCONE ISOMERASE COMPLEXED WITH 5-DEOXYFLAVANONE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fm7
タイトルCHALCONE ISOMERASE COMPLEXED WITH 5-DEOXYFLAVANONE
要素CHALCONE-FLAVONONE ISOMERASE 1
キーワードISOMERASE / natural product biosynthesis / plant enzyme / chalcone / diffusion-limited
機能・相同性
機能・相同性情報


chalcone isomerase / chalcone isomerase activity / flavonoid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Chalcone--flavonone isomerase / Chalcone-flavanone isomerase / Chalcone isomerase, orthogonal bundle domain superfamily / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A - #20 / Chalcone isomerase / Chalcone isomerase, 3-layer sandwich / Chalcone isomerase superfamily / Chalcone isomerase - #10 / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A / Chalcone isomerase ...Chalcone--flavonone isomerase / Chalcone-flavanone isomerase / Chalcone isomerase, orthogonal bundle domain superfamily / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A - #20 / Chalcone isomerase / Chalcone isomerase, 3-layer sandwich / Chalcone isomerase superfamily / Chalcone isomerase - #10 / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A / Chalcone isomerase / 3-Layer(bba) Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-HYDROXY-2-(4-HYDROXY-PHENYL)-CHROMAN-4-ONE / Chalcone--flavanone isomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Jez, J.M. / Noel, J.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Reaction mechanism of chalcone isomerase. pH dependence, diffusion control, and product binding differences.
著者: Jez, J.M. / Noel, J.P.
履歴
登録2000年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHALCONE-FLAVONONE ISOMERASE 1
B: CHALCONE-FLAVONONE ISOMERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5037
ポリマ－47,7022
非ポリマー8015
水3,405189
1
A: CHALCONE-FLAVONONE ISOMERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3004
ポリマ－23,8511
非ポリマー4483
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CHALCONE-FLAVONONE ISOMERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2043
ポリマ－23,8511
非ポリマー3522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area17870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.084, 90.084, 352.849
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 CHALCONE-FLAVONONE ISOMERASE 1 / CHALCONE ISOMERASE 1


分子量: 23851.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago sativa (ムラサキウマゴヤシ)
プラスミド: PET-28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28012, chalcone isomerase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DFV / 7-HYDROXY-2-(4-HYDROXY-PHENYL)-CHROMAN-4-ONE / 5-DEOXYFLAVANONE / リクイリチゲニン


分子量: 256.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12O4 / コメント: アゴニスト*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.8-2.0 M ammonium sulfate, 25% glycerol, 0.05 M PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
125 mg/mlprotein1drop
225 %(v/v)glycerol1reservoir
35 %(v/v)ethanol1reservoir
42.0 Mammonium sulfate1reservoir
550 mMPIPES1reservoirpH6.5
62 mM4,2',4'-trihydroxychalcone1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.0088
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0088 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→41 Å / Num. all: 428647 / Num. obs: 38491 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 53.5169 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.327 / Num. unique all: 1875 / % possible all: 98.6
反射
*PLUS
最低解像度: 40.1 Å / Num. obs: 39067 / Num. measured all: 428647
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.3→41 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2458 1853 -random
Rwork0.22 ---
all-428647 --
obs-38491 98.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3220 0 53 189 3462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.019
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 41 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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