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万見
- PDB-1fjm: Protein serine/threonine phosphatase-1 (alpha isoform, type 1) co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fjm
タイトルProtein serine/threonine phosphatase-1 (alpha isoform, type 1) complexed with microcystin-LR toxin
要素
  • PROTEIN SERINE/THREONINE PHOSPHATASE-1 (ALPHA ISOFORM, TYPE 1)
  • microcystin LR
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE / TOXIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translational initiation by eIF2 alpha dephosphorylation / protein serine/threonine phosphatase activity => GO:0004722 / protein serine/threonine phosphatase activity => GO:0004722 / fatty acid derivative binding / beta-catenin destruction complex disassembly / cell cycle / regulation of glycogen catabolic process / peptidyl-serine dephosphorylation / regulation of glycogen biosynthetic process / PTW/PP1 phosphatase complex ...regulation of translational initiation by eIF2 alpha dephosphorylation / protein serine/threonine phosphatase activity => GO:0004722 / protein serine/threonine phosphatase activity => GO:0004722 / fatty acid derivative binding / beta-catenin destruction complex disassembly / cell cycle / regulation of glycogen catabolic process / peptidyl-serine dephosphorylation / regulation of glycogen biosynthetic process / PTW/PP1 phosphatase complex / peptidyl-threonine dephosphorylation / : / protein phosphatase type 1 complex / glycogen granule / RNA polymerase II promoter clearance / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / protein phosphatase 1 binding / regulation of translational initiation in response to stress / dephosphorylation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of translational initiation / regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein dephosphorylation / glycogen metabolic process / protein-serine/threonine phosphatase / branching morphogenesis of an epithelial tube / Triglyceride catabolism / entrainment of circadian clock by photoperiod / protein serine/threonine phosphatase activity / phosphatase activity / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / viral process / transition metal ion binding / protein phosphatase activator activity / DARPP-32 events / negative regulation of protein binding / ribonucleoprotein complex binding / phosphoprotein phosphatase activity / lung development / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / adherens junction / circadian regulation of gene expression / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of circadian rhythm / response to lead ion / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / presynapse / dendritic spine / perikaryon / iron ion binding / cell division / nucleolus / glutamatergic synapse / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit / Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / : / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type ...Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit / Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / : / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Microcystin LR / BETA-MERCAPTOETHANOL / : / : / Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit / Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Microcystis aeruginosa (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Goldberg, J. / Nairn, A.C. / Kuriyan, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Three-dimensional structure of the catalytic subunit of protein serine/threonine phosphatase-1.
著者: Goldberg, J. / Huang, H.B. / Kwon, Y.G. / Greengard, P. / Nairn, A.C. / Kuriyan, J.
履歴
登録1995年12月17日処理サイト: BNL
改定 1.01996年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN SERINE/THREONINE PHOSPHATASE-1 (ALPHA ISOFORM, TYPE 1)
B: PROTEIN SERINE/THREONINE PHOSPHATASE-1 (ALPHA ISOFORM, TYPE 1)
M: microcystin LR
N: microcystin LR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,52110
ポリマ－77,1444
非ポリマー3766
水4,990277
1
A: PROTEIN SERINE/THREONINE PHOSPHATASE-1 (ALPHA ISOFORM, TYPE 1)
M: microcystin LR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7605
ポリマ－38,5722
非ポリマー1883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN SERINE/THREONINE PHOSPHATASE-1 (ALPHA ISOFORM, TYPE 1)
N: microcystin LR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7605
ポリマ－38,5722
非ポリマー1883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.740, 77.110, 130.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.251034, -0.966528, 0.052974), (0.966022, 0.253628, 0.049734), (-0.061505, 0.038689, 0.997357)
ベクター: 102.07645, -60.61361, -23.67177)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN SERINE/THREONINE PHOSPHATASE-1 (ALPHA ISOFORM, TYPE 1)


分子量: 37558.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
参照: UniProt: P08129, UniProt: P62139*PLUS, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド microcystin LR


タイプ: Oligopeptide / クラス: 毒素 / 分子量: 1014.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Microcystis aeruginosa (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00109, Microcystin LR
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ELECTRON DENSITY MAPS SHOW THAT RESIDUE CYSTEINE 127 IS OXIDIZED, WITH A TERMINAL SULPHINYL OR ...ELECTRON DENSITY MAPS SHOW THAT RESIDUE CYSTEINE 127 IS OXIDIZED, WITH A TERMINAL SULPHINYL OR SULPHONYL GROUP. HOWEVER, THE TERMINAL OXYGEN ATOMS OF THE SIDE CHAIN HAVE NOT BEEN MODELLED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.86 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
18 mg/mlprotein1drop
20.5 M1dropNaCl
450 mMTris-HCl1drop
510 mMbeta-mercaptoethanol1drop
60.9 mM1dropMnCl2
70.1 mMEGTA1drop
865 mMTris-HCl1reservoir
9200 mM1reservoirMgCl2
3microcystin-LR1drop4-fold molar excess
1032 %PEG40001reservoir
111.0 M1,7-diaminoheptane1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 38768 / % possible obs: 99.5 % / Num. measured all: 180676 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.2 % / Rmerge(I) obs: 0.136

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.1→6 Å / Rfactor Rwork: 0.178 / Rfactor obs: 0.178 / σ(F): 0
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4715 0 12 277 5004
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 36974 / Rfactor all: 0.178
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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