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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1eqa | ||||||
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タイトル | VACCINIA METHYLTRANSFERASE VP39 MUTANT E233Q COMPLEXED WITH M7G AND S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE | ||||||
![]() | VP39 | ||||||
![]() | METHYLTRANSFERASE / TRANSFERASE / METHYLATED GUANOSINE / RNA CAP ANALOG / POLY(A) POLYMERASE / VACCINIA / MRNA PROCESSING / TRANSCRIPTION / COMPLEX (TRANSFERASE-RNA CAP ANALOG) | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of mRNA 3'-end processing / 7-methylguanosine mRNA capping / translation elongation factor activity / virion component / methyltransferase cap1 / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Hu, G. / Hodel, A.E. / Gershon, P.D. / Quiocho, F.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: mRNA cap recognition: dominant role of enhanced stacking interactions between methylated bases and protein aromatic side chains. 著者: Hu, G. / Gershon, P.D. / Hodel, A.E. / Quiocho, F.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34818.309 Da / 分子数: 1 / 変異: C-TERMINAL DELETION OF 26 RESIDUES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Orthopoxvirus / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SAH / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG7 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 4.5 / 手法: other詳細: used macroseeding, Hodel, A.E., (1996) Cell, 85, 247. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月21日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→99 Å / Num. obs: 18476 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.4 % / Rsym value: 0.047 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rsym value: 0.117 / % possible all: 64.4 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.047 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.2→8 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.0001 / 交差検証法: FREE-R / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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