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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1eq2 | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE | ||||||
![]() | ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE 6-EPIMERASE | ||||||
![]() | ISOMERASE / N-terminal domain Rossmann fold / C-terminal mixed alpha/beta domain / Short-chain dehydrogenase/reductase fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase / ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase activity / ADP-L-glycero-beta-D-manno-heptose biosynthetic process / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / NADP+ binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Deacon, A.M. / Ni, Y.S. / Coleman Jr., W.G. / Ealick, S.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of ADP-L-glycero-D-mannoheptose 6-epimerase: catalysis with a twist. 著者: Deacon, A.M. / Ni, Y.S. / Coleman Jr., W.G. / Ealick, S.E. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-ray Diffraction Studies of the Lipopolysaccharide Core Biosynthetic Enzyme ADP-L-glycero-D-mannoheptose 6-epimerase from Escherichia coli K-12 著者: Ding, L. / Zhang, Y. / Deacon, A.M. / Ealick, S.E. / Ni, Y. / Sun, P. / Coleman Jr., W.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 621.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 513.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 70.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 98.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a pentamer. There are two pentamers in the asymmetric unit, each with a local non-crystallographic five-fold axis parallel to the crystallographic two-fold screw axis. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34943.031 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P67910, ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase #2: 化合物 | ChemComp-NAP / #3: 化合物 | ChemComp-ADQ / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.61 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.0M ammonium sulphate, 2% PEG400, 0.1M HEPES buffer, 1mM ADP-glucose, 20nM spermidine, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年12月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.919 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→25 Å / Num. all: 242386 / Num. obs: 242386 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 25.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Num. unique all: 239829 / % possible all: 78.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 573756 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 78.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→20 Å / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.5 |