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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1.0E+39 | |||||||||
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タイトル | Flavocytochrome C3 from Shewanella frigidimarina histidine 365 mutated to alanine | |||||||||
要素 | FUMARATE REDUCTASE FLAVOPROTEIN SUBUNIT | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FUMARATE REDUCTASE MUTANT H365A / RESPIRATORY FUMARATE REDUCTASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 anaerobic electron transport chain / コハク酸デヒドロゲナーゼ / 嫌気呼吸 / FMN binding / outer membrane-bounded periplasmic space / electron transfer activity / ペリプラズム / oxidoreductase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | SHEWANELLA FRIGIDIMARINA (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Doherty, M.K. / Pealing, S.L. / Miles, C.S. / Moysey, R. / Taylor, P. / Walkinshaw, M.D. / Reid, G.A. / Chapman, S.K. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Identification of the Active Site Acid/Base Catalyst in a Bacterial Fumarate Reductase: A Kinetic and Crystallographic Study 著者: Doherty, M.K. / Pealing, S.L. / Miles, C.S. / Moysey, R. / Taylor, P. / Walkinshaw, M.D. / Reid, G.A. / Chapman, S.K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e39.cif.gz | 142 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e39.ent.gz | 108.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e39.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/1e39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/1e39 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1qjdS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 60560.172 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) SHEWANELLA FRIGIDIMARINA (バクテリア) 株: NCIMB400 / 発現宿主: SHEWANELLA FRIGIDIMARINA (バクテリア) 参照: UniProt: Q07WU7, UniProt: P0C278*PLUS, コハク酸デヒドロゲナーゼ |
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-非ポリマー , 6種, 613分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEC / #3: 化合物 | ChemComp-FAD / | #4: 化合物 | ChemComp-FUM / | #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | CHAIN A ENGINEERED |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: HANGING DROP, 50-100MM TRIS-HCL PH 7.4, 80MM NACL, 17-20% PEG 8000, 10MM FUMARATE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月9日 / 詳細: RH COATED SI MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→18 Å / Num. obs: 54314 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 2.699 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 19.01 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 1.97 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Mean I/σ(I) obs: 7.14 / % possible all: 74.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 24 Å / Num. measured all: 265858 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1QJD 解像度: 1.8→18 Å / Num. parameters: 20251 / Num. restraintsaints: 18150 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 5062 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→18 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.247 / Rfactor Rwork: 0.1814 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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