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万見
- PDB-1dnp: STRUCTURE OF DEOXYRIBODIPYRIMIDINE PHOTOLYASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dnp
タイトルSTRUCTURE OF DEOXYRIBODIPYRIMIDINE PHOTOLYASE
要素DNA PHOTOLYASE
キーワードLYASE (CARBON-CARBON) / DNA REPAIR / ELECTRON TRANSFER / EXCITATION ENERGY TRANSFER / LYASE / CARBON-CARBON
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribodipyrimidine photo-lyase / deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / : / DNA repair / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA photolyases class 1 signature 2. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1, conserved site, C-terminal / DNA photolyases class 1 signature 1. / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal ...DNA photolyases class 1 signature 2. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1, conserved site, C-terminal / DNA photolyases class 1 signature 1. / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 5,10-METHENYL-6,7,8-TRIHYDROFOLIC ACID / Deoxyribodipyrimidine photo-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Park, H.-W. / Sancar, A. / Deisenhofer, J.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of DNA photolyase from Escherichia coli.
著者: Park, H.W. / Kim, S.T. / Sancar, A. / Deisenhofer, J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Escherichia Coli DNA Photolyase
著者: Park, H.W. / Sancar, A. / Deisenhofer, J.
履歴
登録1995年7月3日処理サイト: BNL
改定 1.01996年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA PHOTOLYASE
B: DNA PHOTOLYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,6896
ポリマ－107,2032
非ポリマー2,4864
水6,720373
1
A: DNA PHOTOLYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8453
ポリマ－53,6021
非ポリマー1,2432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA PHOTOLYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8453
ポリマ－53,6021
非ポリマー1,2432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.600, 72.200, 58.500
Angle α, β, γ (deg.)99.10, 101.50, 72.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.025044, -0.324306, -0.945621), (-0.323889, -0.897527, 0.299234), (-0.945763, 0.298782, -0.127517)
ベクター: 77.66, 100.07, 50.02)

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要素

#1: タンパク質 DNA PHOTOLYASE / DNA CYCLOBUTANE DIPYRIMIDINE PHOTOLYASE


分子量: 53601.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PHOTOREACTIVATING ENZYME / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00914, deoxyribodipyrimidine photo-lyase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-MHF / 5,10-METHENYL-6,7,8-TRIHYDROFOLIC ACID / (6R)-5,10-メチレンテトラヒドロ葉酸


分子量: 457.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N7O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法
詳細: seeding. refer to Park, H.W., (1993) J.Mol.Biol., 231, 1122.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14 mg/mlphotolyase1drop
220 %glycerol1drop
350 mMTris-HCl1drop
530 %(w/v)PEG40001reservoir
60.9 M1reservoirLiCl
7100 mMTris-HCl1reservoir
4reservoir1drop

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991年10月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 33086 / % possible obs: 78.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.45 % / Rmerge(I) obs: 0.043
反射
*PLUS
Num. measured all: 76311

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XDSデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.3→10 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 --
Rwork0.172 --
obs0.172 32619 78.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 17.62 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7538 0 172 373 8083
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.85
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.39
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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