+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dim | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SIALIDASE FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM COMPLEXED WITH EPANA INHIBITOR | ||||||
要素 | SIALIDASEノイラミニダーゼ | ||||||
キーワード | GLYCOSIDASE / HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-sialidase activity / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ノイラミニダーゼ / intracellular membrane-bounded organelle / 生体膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE MAP / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Garman, E.F. / Crennell, S.C. / Vimr, E.R. / Laver, W.G. / Taylor, G.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: The structures of Salmonella typhimurium LT2 neuraminidase and its complexes with three inhibitors at high resolution. 著者: Crennell, S.J. / Garman, E.F. / Philippon, C. / Vasella, A. / Laver, W.G. / Vimr, E.R. / Taylor, G.L. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993 タイトル: Crystal Structure of a Bacterial Sialidase (from Salmonella Typhimurium Lt2) Shows the Same Fold as an Influenza Virus Neuraminidase 著者: Crennell, S.J. / Garman, E.F. / Laver, W.G. / Vimr, E.R. / Taylor, G.L. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Purification, Crystallization and Preliminary Crystallographic Study of Neuraminidase from Vibrio Cholerae and Salmonella Typhimurium Lt2 著者: Taylor, G. / Vimr, E. / Garman, E. / Laver, G. #3: ジャーナル: Helv.Chim.Acta / 年: 1990 タイトル: Phosphonic-Acid Analogues of the N-Acetyl-2-Deoxyneuraminic Acids: Synthesis and Inhibition of Vibrio Cholerae Sialidase 著者: Wallimann, K. / Vasella, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dim.cif.gz | 86.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1dim.ent.gz | 68.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dim.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/1dim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/1dim | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41991.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / 解説: RESIDUE MET 1 WAS EXCISED BY ESCHERICHIA COLI / 遺伝子: NANH / Variant: TA263, PROTOTROPH / プラスミド: PSX62 / 遺伝子 (発現宿主): NANH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29768, ノイラミニダーゼ |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-K / |
#3: 糖 | ChemComp-EQP / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 289 K |
---|---|
放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年12月5日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→10 Å / Num. obs: 12091 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 14.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / % possible all: 87.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 43572 / Num. measured all: 189373 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.7 Å |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE MAP 開始モデル: PDB ENTRY 2SIM 解像度: 1.6→6 Å / σ(F): 0 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→6 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |