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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dd4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ribosomal protein l12 from thermotoga maritim | ||||||
要素 | (50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12) x 2 | ||||||
キーワード | RIBOSOME / DIMER FORMATION / FLEXIBILITY / HINGE REGION / FOUR-HELIX-BUNDLE / FIVE-HELIX- BUNDLE / ALPHA-BETA STRUCTURE / HELICAL HAIRPIN / DOMAINS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytosolic large ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Wahl, M.C. / Bourenkov, G.P. / Bartunik, H.D. / Huber, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2000 タイトル: Flexibility, conformational diversity and two dimerization modes in complexes of ribosomal protein L12. 著者: Wahl, M.C. / Bourenkov, G.P. / Bartunik, H.D. / Huber, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dd4.cif.gz | 78.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dd4.ent.gz | 61.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dd4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dd4_validation.pdf.gz | 414.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1dd4_full_validation.pdf.gz | 429.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1dd4_validation.xml.gz | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dd4_validation.cif.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/1dd4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/1dd4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13475.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermotoga maritima (バクテリア) / 参照: UniProt: P29396 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4260.978 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermotoga maritima (バクテリア) / 参照: UniProt: P29396 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.46 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 3.23M AMMONIUM SULFATE, 0.1M CITRATE, 7% (V/V) POLYETHYLENE GLYCOL 200, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.25 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.25 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→16 Å / Num. all: 21795 / Num. obs: 19877 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 65.8 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 12.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.166 / % possible all: 93.7 |
反射 | *PLUS 冗長度: 6.5 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 2 / σ(I): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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