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- PDB-1d8c: MALATE SYNTHASE G COMPLEXED WITH MAGNESIUM AND GLYOXYLATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d8c
タイトルMALATE SYNTHASE G COMPLEXED WITH MAGNESIUM AND GLYOXYLATE
要素MALATE SYNTHASE G
キーワードLYASE / ALPHA-BETA BARREL / TIM BARREL / GLYOXYLATE CYCLE / ENOLIZATION / CONDENSATION / CONCERTED ACID-BASE CATALYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


malate synthase / malate synthase activity / glyoxylate catabolic process / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Malate synthase G - maily-beta sub-domain / Malate synthase G - maily-beta sub-domain / Malate synthase G / : / Malate synthase G, alpha-beta insertion domain / Malate synthase, domain III / Malate synthase, domain 3 / Malate Synthase G; Chain: A; Domain 4 / Malate synthase / Malate synthase superfamily ...Malate synthase G - maily-beta sub-domain / Malate synthase G - maily-beta sub-domain / Malate synthase G / : / Malate synthase G, alpha-beta insertion domain / Malate synthase, domain III / Malate synthase, domain 3 / Malate Synthase G; Chain: A; Domain 4 / Malate synthase / Malate synthase superfamily / Malate synthase, C-terminal superfamily / Malate synthase, N-terminal and TIM-barrel domains / : / : / Malate synthase, TIM barrel domain / Malate synthase, N-terminal domain / Malate synthase, C-terminal / Beta Complex / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYOXYLIC ACID / sorbitol / Malate synthase G
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Howard, B.R. / Endrizzi, J.A. / Remington, S.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli malate synthase G complexed with magnesium and glyoxylate at 2.0 A resolution: mechanistic implications.
著者: Howard, B.R. / Endrizzi, J.A. / Remington, S.J.
履歴
登録1999年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MALATE SYNTHASE G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,4059
ポリマ－81,6441
非ポリマー7618
水6,215345
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.800, 88.700, 109.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 MALATE SYNTHASE G


分子量: 81643.945 Da / 分子数: 1 / 変異: S2A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal his-tag (724-731) / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET-28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37330, EC: 4.1.3.2
#2: 糖 ChemComp-SOR / sorbitol / D-sorbitol / D-glucitol / ソルビト-ル


タイプ: D-saccharide / 分子量: 182.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O6

-
非ポリマー , 4種, 352分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GLV / GLYOXYLIC ACID / GLYOXALATE / GLYOXYLATE / グリオキシル酸


分子量: 74.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H2O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
解説: selenium positions located with shake-n-bake v.2. Number of unique reflections and overall data redundancy includes separated friedel pairs.
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: ammonium sulfate, sorbitol, imidazole, magnesium, DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 44 %
結晶化
*PLUS
詳細: used to seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
11.8 Mammonium sulfate1reservoir
2100 mMimidazole1reservoirpH8.0
350 mMsorbitol1reservoir
424 mg/mlenzyme1drop
514 mM1dropMgCl2
67 mMdithiothreitol1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.008
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年7月18日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 94144 / Num. obs: 93570 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.93 % / Biso Wilson estimate: 25.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 9222 / % possible all: 98
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. measured all: 367712
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
TNT精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Isotropic thermal model: TNT CORRELATED B'S / 立体化学のターゲット値: TNT GEOMETRY LIBRARY
詳細: This model has been refined against the combined working and test set.
反射数%反射Selection details
all49429 --
obs49242 99.6 %-
Rfree--RANDOM, USING HKL SEGREGATE OPTION IN TNT
溶媒の処理溶媒モデル: TNT / Bsol: 261.252 Å2 / ksol: 0.83594 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5331 0 43 345 5719
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01554720.7
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.48674251.2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d15.9632360
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0181450.7
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0168033.4
X-RAY DIFFRACTIONt_it4.5953881
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0286110
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 49242 / Num. reflection Rfree: 2522 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.177 / Rfactor Rfree: 0.28 / Rfactor Rwork: 0.175
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg015.96
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.70.018
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr3.40.016

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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