+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d7u | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the complex of 2,2-dialkylglycine decarboxylase with LCS | ||||||
![]() | PROTEIN (2,2-DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE (PYRUVATE)) | ||||||
![]() | LYASE / ENZYME COMPLEXES / CATALYTIC MECHANISM / DECARBOXYLATION INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2,2-dialkylglycine decarboxylase (pyruvate) / 2,2-dialkylglycine decarboxylase (pyruvate) activity / L-alanine catabolic process, by transamination / alanine-glyoxylate transaminase activity / glyoxylate catabolic process / pyridoxal phosphate binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Malashkevich, V.N. / Toney, M.D. / Strop, P. / Keller, J. / Jansonius, J.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of dialkylglycine decarboxylase inhibitor complexes. 著者: Malashkevich, V.N. / Strop, P. / Keller, J.W. / Jansonius, J.N. / Toney, M.D. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Dialkylglycine Decarboxylase, a Decarboxylating Transaminase 著者: Toney, M.D. / Keller, J.W. / Pauptit, R.A. / Jaeger, J. / Wise, M.K. / Sauder, U. / Jansonius, J.N. #2: ![]() タイトル: Pseudomonas cepacia 2,2-Dialkylglycine Decarboxylase. Sequence and Expression in Escherichia Coli of Structural and Repressor Genes 著者: Keller, J.W. / Baurick, K.B. / Rutt, G.C. / O'Malley, M.V. / Sonafrank, N.L. / Reynolds, R.A. / Ebbesson, L.O. / Vajdos, F.F. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 99 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 73.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 451.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 460.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46495.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PKDHE19 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P16932, 2,2-dialkylglycine decarboxylase (pyruvate) |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 化合物 | ChemComp-K / |
#4: 化合物 | ChemComp-LCS / [ |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→35 Å / Num. obs: 42043 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 27.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / % possible all: 73.3 |
反射 | *PLUS 冗長度: 3.9 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2DKB 解像度: 1.95→10 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
| ||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 164.5 Å2 / ksol: 0.67 e/Å3 | ||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.26 Å2 | ||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.22 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→10 Å
| ||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.193 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|