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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d7r | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF 2,2-DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE WITH 5PA | ||||||
要素 | PROTEIN (2,2-DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE (PYRUVATE)) | ||||||
キーワード | LYASE / ENZYME COMPLEXES / CATALYTIC MECHANISM / DECARBOXYLATION INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2,2-dialkylglycine decarboxylase (pyruvate) / 2,2-dialkylglycine decarboxylase (pyruvate) activity / L-alanine catabolic process, by transamination / alanine-glyoxylate transaminase activity / glyoxylate catabolic process / pyridoxal phosphate binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Burkholderia cepacia (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Malashkevich, V.N. / Toney, M.D. / Strop, P. / Keller, J. / Jansonius, J.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystal structures of dialkylglycine decarboxylase inhibitor complexes. 著者: Malashkevich, V.N. / Strop, P. / Keller, J.W. / Jansonius, J.N. / Toney, M.D. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Dialkylglycine Decarboxylase, a Decarboxylating Transaminase 著者: Toney, M.D. / Keller, J.W. / Pauptit, R.A. / Jaeger, J. / Wise, M.K. / Sauder, U. / Jansonius, J.N. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990 タイトル: Pseudomonas cepacia 2,2-Dialkylglycine Decarboxylase. Sequence and Expression in Escherichia Coli of Structural and Repressor Genes 著者: Keller, J.W. / Baurick, K.B. / Rutt, G.C. / O'Malley, M.V. / Sonafrank, N.L. / Reynolds, R.A. / Ebbesson, L.O. / Vajdos, F.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d7r.cif.gz | 98.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d7r.ent.gz | 73.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d7r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1d7r_validation.pdf.gz | 454 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1d7r_full_validation.pdf.gz | 465.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1d7r_validation.xml.gz | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1d7r_validation.cif.gz | 17.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/1d7r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/1d7r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46495.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia cepacia (バクテリア) プラスミド: PKDHE19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TY103 参照: UniProt: P16932, 2,2-dialkylglycine decarboxylase (pyruvate) |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 化合物 | ChemComp-K / |
#4: 化合物 | ChemComp-5PA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 15% PEG 4000, 0.15 M SODIUM PYRUVATE, 0.03 M MES-KOH, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: 4 micro litter of drop was mixed with 2 micro litter reservoir | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→35 Å / Num. obs: 42301 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 25.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.318 / % possible all: 96.4 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2DKB 解像度: 2→10 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 2 /
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 155.3 Å2 / ksol: 0.67 e/Å3 | ||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.34 Å2 | ||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.27 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_plane_restr / Dev ideal: 0.011 |