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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d64 | ||||||||||||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A PENTAMIDINE-OLIGONUCLEOTIDE COMPLEX: IMPLICATIONS FOR DNA-BINDING PROPERTIES | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | 1,5-BIS(4-AMIDINOPHENOXY)PENTANE / DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() Edwards, K.J. / Jenkins, T.C. / Neidle, S. | ![]() ![]() タイトル: Crystal structure of a pentamidine-oligonucleotide complex: implications for DNA-binding properties. 著者: Edwards, K.J. / Jenkins, T.C. / Neidle, S. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 26.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 16.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 574.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 589.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-PNT / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.03 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 289 K / pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 292 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.1 Å / Num. all: 10630 / Num. obs: 3824 / Rmerge(I) obs: 0.0699 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Num. all: 4256 / Num. measured all: 10630 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.2 Å / Num. possible: 688 / Num. unique obs: 353 |
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解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.1→7 Å / σ(I): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→7 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 7 Å / σ(I): 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |