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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d40 | ||||||||||||||||||
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タイトル | BASE SPECIFIC BINDING OF COPPER(II) TO Z-DNA: THE 1.3-ANGSTROMS SINGLE CRYSTAL STRUCTURE OF D(M5CGUAM5CG) IN THE PRESENCE OF CUCL2 | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / Z-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED | 機能・相同性 | COPPER (II) ION / COPPER (II) CHLORIDE / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.3 Å | データ登録者 | Geierstanger, B.H. / Kagawa, T.F. / Chen, S.-L. / Quigley, G.J. / Ho, P.S. | 引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991 タイトル: Base-specific binding of copper(II) to Z-DNA. The 1.3-A single crystal structure of d(m5CGUAm5CG) in the presence of CuCl2. 著者: Geierstanger, B.H. / Kagawa, T.F. / Chen, S.L. / Quigley, G.J. / Ho, P.S. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990 タイトル: Stabilization of Z-DNA by Demethylation of Thymine Bases: 1.3-Angstroms Single-Crystal Structure of d(m5CGUAm5CG) 著者: Zhou, G. / Ho, P.S. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d40.cif.gz | 22.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d40.ent.gz | 13.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d40.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1d40_validation.pdf.gz | 373.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1d40_full_validation.pdf.gz | 398 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1d40_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1d40_validation.cif.gz | 7.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/1d40 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/1d40 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1823.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CUL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.08 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION / Temp details: ROOM TEMPERATURE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: took Zhou and Ho, 1990 from original paper | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE |
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検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.3 Å / Num. obs: 2587 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.3 Å / Num. all: 4357 / Observed criterion σ(I): 2 |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 開始モデル: ZDFB24 最高解像度: 1.3 Å / σ(I): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.3 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.3 Å / Num. reflection obs: 2587 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.209 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |