[日本語] English
万見
- PDB-1d2s: CRYSTAL STRUCTURE OF THE N-TERMINAL LAMININ G-LIKE DOMAIN OF SHBG... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d2s
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE N-TERMINAL LAMININ G-LIKE DOMAIN OF SHBG IN COMPLEX WITH DIHYDROTESTOSTERONE
要素SEX HORMONE-BINDING GLOBULIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / STEROID TRANSPORT / LAMININ G-LIKE DOMAIN / JELLYROLL / ANDROGEN BINDING PROTEIN (ABP) / SEX STEROID BINDING PROTEIN (SBP)
機能・相同性
機能・相同性情報


androgen binding / steroid binding / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE / Sex hormone-binding globulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Grishkovskaya, I. / Avvakumov, G.V. / Sklenar, G. / Dales, D. / Hammond, G.L. / Muller, Y.A.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of human sex hormone-binding globulin: steroid transport by a laminin G-like domain.
著者: Grishkovskaya, I. / Avvakumov, G.V. / Sklenar, G. / Dales, D. / Hammond, G.L. / Muller, Y.A.
履歴
登録1999年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SEX HORMONE-BINDING GLOBULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2264
ポリマ－18,8551
非ポリマー3713
水2,216123
1
A: SEX HORMONE-BINDING GLOBULIN
ヘテロ分子

A: SEX HORMONE-BINDING GLOBULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4528
ポリマ－37,7112
非ポリマー7416
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)104.040, 104.040, 84.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Cell settinghexagonal
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

HOH

21A-691-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 SEX HORMONE-BINDING GLOBULIN / SHBG


分子量: 18855.418 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1 TO 205 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04278
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-DHT / 5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE / ジヒドロテストステロン


分子量: 290.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H30O2 / コメント: ホルモン*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG400, HEPES, CALCIUM CHLORIDE, DIHYDROTESTOSTERONE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
結晶化
*PLUS
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
113 mg/mlprotein1drop
250 mMHEPES1drop
32.5 mM1dropCaCl2
40.003 mM5alpha-DHT1drop
520 %isopropanol1reservoir
610 %PEG4001reservoir
7100 mMHEPES1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9116
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→40 Å / Num. all: 24678 / Num. obs: 24678 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 29.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.55→1.75 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.234 / % possible all: 95
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95 % / Mean I/σ(I) obs: 3.35

-
解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
XDSデータ削減
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
XDSデータスケーリング
精密化解像度: 1.55→40 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.251 2461 RANDOM
Rwork0.205 --
all0.21 22208 -
obs0.21 22208 -
原子変位パラメータBiso mean: 29.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.004 Å2-0.074 Å20 Å2
2---0.038 Å20 Å2
3---0.092 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1375 0 23 123 1521
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.030.03
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0340.05
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.7864
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.7816
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.5854
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.0516

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る