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- PDB-1cs1: CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE (CGS) FROM ESCHERICHIA COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cs1
タイトルCYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE (CGS) FROM ESCHERICHIA COLI
要素PROTEIN (CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE)
キーワードLYASE / LLP-DEPENDENT ENZYMES / METHIONINE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


cystathionine gamma-synthase / cystathionine gamma-synthase activity / cystathionine gamma-lyase activity / L-cysteine biosynthetic process via L-cystathionine / transsulfuration / : / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
O-succinylhomoserine (thiol)-lyase / : / Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...O-succinylhomoserine (thiol)-lyase / : / Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,4-DIOXO-PENTANEDIOIC ACID / Cystathionine gamma-synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Clausen, T. / Messerschmidt, A.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli cystathionine gamma-synthase at 1.5 A resolution.
著者: Clausen, T. / Huber, R. / Prade, L. / Wahl, M.C. / Messerschmidt, A.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1997
タイトル: Cloning, Purification, Crystallization and Preliminary Xray-Diffraction Analysis of Cystathionine Gamma-Synthase from Escherichia Coli
著者: Wahl, M.C. / Huber, R. / Prade, L. / Marinkovic, S. / Messerschmidt, A. / Clausen, T.
履歴
登録1998年9月23日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE)
B: PROTEIN (CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE)
C: PROTEIN (CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE)
D: PROTEIN (CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,4625
ポリマ－167,3024
非ポリマー1601
水23,4381301
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20600 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area45050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.040, 61.300, 153.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-1501-

DHD

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (CYSTATHIONINE GAMMA-SYNTHASE) / E.C.4.2.99.9 LYASE / CGS


分子量: 41825.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PLP BOUND AS COFACTOR TO LYS 198 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: DH5 / 遺伝子: METB / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/DE3 / 参照: UniProt: P00935, EC: 4.2.99.9
#2: 化合物 ChemComp-DHD / 2,4-DIOXO-PENTANEDIOIC ACID / 2,4-ジオキソペンタン二酸


分子量: 160.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化pH: 7.45 / 詳細: 17% PEG400, 10% MPD, 0.1 M MES/NAOH (PH 7.45)
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Wahl, M.C., (1997) FEBS Lett., 414, 492.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
233 mMHEPES-NaOH1drop
36.7 %(w/v)PEG40001drop
43.3 %(v/v)2-propanol1drop
5100 mMHEPES-NaOH1reservoir
620 %(w/v)PEG40001reservoir
710 %(v/v)2-propanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→8 Å / Num. obs: 200884 / % possible obs: 86.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.205 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Rsym value: 0.214 / % possible all: 70.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 70.1 % / Num. unique obs: 16087

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE(STAND ALONE)位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CL1

1cl1


解像度: 1.5→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 -10 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.2 200884 86.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.17 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11680 0 11 1301 12992
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.35
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.02
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARAM19X.PRO / Topol file: TOPH19X.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 30.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.02
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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