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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ba3 | ||||||
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タイトル | FIREFLY LUCIFERASE IN COMPLEX WITH BROMOFORM | ||||||
![]() | LUCIFERASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / MONOOXYGENASE / PHOTOPROTEIN / LUMINESCENCE | ||||||
機能・相同性 | ![]() Photinus-luciferin 4-monooxygenase (ATP-hydrolyzing) activity / firefly luciferase / long-chain fatty acid-CoA ligase activity / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / bioluminescence / peroxisome / protein-folding chaperone binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Franks, N.P. / Jenkins, A. / Conti, E. / Lieb, W.R. / Brick, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the inhibition of firefly luciferase by a general anesthetic. 著者: Franks, N.P. / Jenkins, A. / Conti, E. / Lieb, W.R. / Brick, P. #1: ![]() タイトル: Structural Basis for the Activation of Phenylalanine in the Non-Ribosomal Biosynthesis of Gramicidin S 著者: Conti, E. / Stachelhaus, T. / Marahiel, M.A. / Brick, P. #2: ![]() タイトル: Crystal Structure of Firefly Luciferase Throws Light on a Superfamily of Adenylate-Forming Enzymes 著者: Conti, E. / Franks, N.P. / Brick, P. #3: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary Diffraction Studies of Firefly Luciferase from Photinus Pyralis 著者: Conti, E. / Lloyd, L.F. / Akins, J. / Franks, N.P. / Brick, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 123.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 94.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1lciS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60818.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7.8 詳細: 2 MICROLITRE OF LUCIFERASE (20 MG/ML) IN 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.001M EDTA, 0.001M DTT, 10% GLYCEROL, 25% ETHYLENE GLYCOL, 0.025M TRIS-HCL PH7.8 + 2 MICROLITRE 0.5M LITHIUM SULFATE, 26% PEG ...詳細: 2 MICROLITRE OF LUCIFERASE (20 MG/ML) IN 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.001M EDTA, 0.001M DTT, 10% GLYCEROL, 25% ETHYLENE GLYCOL, 0.025M TRIS-HCL PH7.8 + 2 MICROLITRE 0.5M LITHIUM SULFATE, 26% PEG 8000, 0.1M TRIS-HCL PH7.8 AT 10 DEGREES CELSIUS IN MICROBATCH UNDER OIL., microbatch under oil, temperature 283K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: Conti, E., (1996) Acta Crystallogr.,Sect.D, 52, 876. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月19日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: Y / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→18.4 Å / Num. obs: 35038 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.13 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.35 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.235 / % possible all: 97.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 109681 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.9 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1LCI 解像度: 2.2→18.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT CORRECTION APPLIED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 18.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→18.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.3 |