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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1av5 | ||||||
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タイトル | PKCI-SUBSTRATE ANALOG | ||||||
![]() | PROTEIN KINASE C INTERACTING PROTEIN | ||||||
![]() | PROTEIN KINASE INHIBITOR / PKCI-1 / HIT PROTEIN FAMILY / HISTIDINE TRIAD PROTEIN FAMILY / NUCLEOTIDYL HYDROLASE / NUCLEOTIDYL TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / histone deacetylase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of calcium-mediated signaling ...purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / histone deacetylase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein kinase C binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cytoskeleton / hydrolase activity / nucleotide binding / regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Lima, C.D. / Klein, M.G. / Hendrickson, W.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-based analysis of catalysis and substrate definition in the HIT protein family. 著者: Lima, C.D. / Klein, M.G. / Hendrickson, W.A. #1: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of Human Protein Kinase C Interacting Protein 1, a Member of the Hit Family of Proteins 著者: Lima, C.D. / Klein, M.G. / Weinstein, I.B. / Hendrickson, W.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 59.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13718.772 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-AP2 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THE SUBSTRATE ANALOG (AMPCP) WAS SOAKED INTO THE CRYSTAL AND FOUND TO BIND IN THE ACTIVE SITE OF ...THE SUBSTRATE ANALOG (AMPCP) WAS SOAKED INTO THE CRYSTAL AND FOUND TO BIND IN THE ACTIVE SITE OF CHAIN B. THE ACTIVE SITE OF CHAIN A IS BLOCKED BY A LATTICE CONTACT AND IS NOT AVAILABLE TO THE SUBSTRATE. THE AMPCP STRUCTURE REPORTED HERE REPRESENTS | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: GROWN FROM PEG8K PH6.5 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Lima, C.D., (1996) Proc.Nat.Acad.Sci.USA, 93, 5357. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月17日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 14358 / % possible obs: 71.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.056 |
反射 | *PLUS Num. obs: 26213 / Num. measured all: 194693 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→8 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / σ(F): 2 詳細: REFINED ADENOSINE ALPHA/BETA-METHYLENE DIPHOSPHATE AS ADP.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.31 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.39 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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