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- PDB-1a05: CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a05
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE FROM THIOBACILLUS FERROOXIDANS WITH 3-ISOPROPYLMALATE
要素3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / DECARBOXYLATING DEHYDROGENASE / LEUCINE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


3-isopropylmalate dehydrogenase / 3-isopropylmalate dehydrogenase activity / L-leucine biosynthetic process / NAD binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isopropylmalate dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-ISOPROPYLMALIC ACID / 3-isopropylmalate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Acidithiobacillus ferrooxidans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Imada, K. / Inagaki, K. / Matsunami, H. / Kawaguchi, H. / Tanaka, H. / Tanaka, N. / Namba, K.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Structure of 3-isopropylmalate dehydrogenase in complex with 3-isopropylmalate at 2.0 A resolution: the role of Glu88 in the unique substrate-recognition mechanism.
著者: Imada, K. / Inagaki, K. / Matsunami, H. / Kawaguchi, H. / Tanaka, H. / Tanaka, N. / Namba, K.
#1: ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 1998
タイトル: Overproduction and Substrate Specificity of 3-Isopropylmalate Dehydrogenase from Thiobacillus Ferrooxidans
著者: Matsunami, H. / Kawaguchi, H. / Inagaki, K. / Eguchi, T. / Kakinuma, K. / Tanaka, H.
#2: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1993
タイトル: 3-Isopropylmalate Dehydrogenase from Chemolithoautotroph Thiobacillus Ferrooxidans: DNA Sequence, Enzyme Purification, and Characterization
著者: Kawaguchi, H. / Inagaki, K. / Kuwata, Y. / Tanaka, H. / Tano, T.
#3: ジャーナル: J.Ferment.Bioeng. / 年: 1990
タイトル: Cloning and Expression of the Thiobacillus Ferrooxidans 3-Isopropylmalate Dehydrogenase Gene in Escherichia Coli
著者: Inagaki, K. / Kawaguchi, H. / Kuwata, Y. / Sugio, T. / Tanaka, H. / Tano, T.
履歴
登録1997年12月9日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE
B: 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4116
ポリマ－77,0102
非ポリマー4014
水9,080504
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6480 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area25890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.540, 114.240, 130.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, 0.00211, 0.00044), (0.00211, 1, -3.0E-5), (-0.00044, -3.0E-5, -1)
ベクター: 8.62482, 0.0051, 65.46259)

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要素

#1: タンパク質 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE / IPMDH / IMDH


分子量: 38505.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidithiobacillus ferrooxidans (バクテリア)
株: AP19-3 / 遺伝子: LEUB / プラスミド: PKKLEUB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JA221 / 参照: UniProt: Q56268, 3-isopropylmalate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-IPM / 3-ISOPROPYLMALIC ACID / (2R,3S)-3-イソプロピル-D-リンゴ酸


分子量: 176.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H12O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 6.5 / PH range high: 6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlprotein1drop
210-20 %PEG60001reservoir
30.1 MMES1reservoir
420 mMIPM1reservoir
5100 mM1reservoirMgSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-C / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月1日 / 詳細: YALE MIRRORS
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→100 Å / Num. obs: 44212 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2→2.25 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 86
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
PROCESSデータ削減
PROCESSデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IPD

1ipd


解像度: 2→8 Å / Data cutoff high absF: 550 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 4320 10 %RANDOM
Rwork0.1977 ---
obs0.1977 43200 75.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.23 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5386 0 26 504 5916
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.22
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.271
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.331
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.026
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.798
Refine LS restraints NCSNCS model details: UNRESTRAINED
LS精密化 シェル解像度: 2→2.09 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 342 11.7 %
Rwork0.279 2918 -
obs--46.55 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.IONTOPH19.ION
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION4IPM.PARIPM.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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