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万見
- EMDB-1993: Negative stain reconstruction of recombinantly expressed yeast pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1993
タイトルNegative stain reconstruction of recombinantly expressed yeast proteasome lid
マップデータMap of recombinantly expressed Saccharomyces cerevisiae proteasome lid
試料
  • 試料: recombinantly expressed yeast lid
  • タンパク質・ペプチド: lid
キーワード26S / 19S / proteasome / yeast lid / regulatory particle / ubiquitin recognition / deubiquitination / AAA-ATPase
機能・相同性Proteasome/cyclosome repeat / proteasome regulatory particle, lid subcomplex
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Lander GC / Estrin E / Matyskiela M / Bashore C / Nogales E / Martin A
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Complete subunit architecture of the proteasome regulatory particle.
著者: Gabriel C Lander / Eric Estrin / Mary E Matyskiela / Charlene Bashore / Eva Nogales / Andreas Martin /
要旨: The proteasome is the major ATP-dependent protease in eukaryotic cells, but limited structural information restricts a mechanistic understanding of its activities. The proteasome regulatory particle, ...The proteasome is the major ATP-dependent protease in eukaryotic cells, but limited structural information restricts a mechanistic understanding of its activities. The proteasome regulatory particle, consisting of the lid and base subcomplexes, recognizes and processes polyubiquitinated substrates. Here we used electron microscopy and a new heterologous expression system for the lid to delineate the complete subunit architecture of the regulatory particle from yeast. Our studies reveal the spatial arrangement of ubiquitin receptors, deubiquitinating enzymes and the protein unfolding machinery at subnanometre resolution, outlining the substrate's path to degradation. Unexpectedly, the ATPase subunits within the base unfoldase are arranged in a spiral staircase, providing insight into potential mechanisms for substrate translocation through the central pore. Large conformational rearrangements of the lid upon holoenzyme formation suggest allosteric regulation of deubiquitination. We provide a structural basis for the ability of the proteasome to degrade a diverse set of substrates and thus regulate vital cellular processes.
履歴
登録2011年11月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年1月6日-
マップ公開2012年1月6日-
更新2012年2月3日-
現状2012年2月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

em1993.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1993.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of recombinantly expressed Saccharomyces cerevisiae proteasome lid
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.76 Å/pix.
x 128 pix.
= 353.28 Å		2.76 Å/pix.
x 128 pix.
= 353.28 Å		2.76 Å/pix.
x 128 pix.
= 353.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.76 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.5 / ムービー #1: 4.5
最小 - 最大-4.75049 - 20.128599999999999
平均 (標準偏差)0.00000000735695 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 353.28 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.762.762.76
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z353.280353.280353.280
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-4.75020.1290.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : recombinantly expressed yeast lid

全体名称: recombinantly expressed yeast lid
要素
  • 試料: recombinantly expressed yeast lid
  • タンパク質・ペプチド: lid

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超分子 #1000: recombinantly expressed yeast lid

超分子名称: recombinantly expressed yeast lid / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: monodisperse / 集合状態: 8 subunit complex / Number unique components: 1
分子量実験値: 361 KDa / 理論値: 361 KDa / 手法: Mass Spectrometry

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分子 #1: lid

分子名称: lid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: lid / 詳細: all subunits were recombinantly expressed / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303 / 別称: Baker's Yeast
分子量実験値: 361 KDa / 理論値: 361 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21-star (DE3) / 組換プラスミド: pAM001,pAM002,pAM003
配列GO: proteasome regulatory particle, lid subcomplex / InterPro: Proteasome/cyclosome repeat

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.009 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 25mM HEPES, 100mM NaCl, 100mM KCl, 5% glycerol
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Protein adsorbed to grid for 1 minute, then passed over four 50uL drops of 2% w/v uranyl formate, 5 seconds on each drop
グリッド詳細: 200 mesh Cu grid
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
温度最低: 78 K / 最高: 78 K / 平均: 78 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 210,000 times magnification
Legacy - Electron beam tilt params: 0
詳細Data acquired using Leginon
日付2011年8月22日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
実像数: 303 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 80000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダー: Room temp single tilt / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

詳細Image processing performed in the Appion processing environment. 3D reconstruction performed using EMAN2 and SPARX libraries
CTF補正詳細: whole micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 SPARX / 使用した粒子像数: 29345

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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