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万見
- EMDB-19798: human PLD3 homodimer structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19798
タイトルhuman PLD3 homodimer structure
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: PLD3 dimer
    • タンパク質・ペプチド: 5'-3' exonuclease PLD3
キーワードExonuclease / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


spleen exonuclease / Synthesis of PG / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / myotube differentiation / phospholipase D activity / immune system process / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Role of phospholipids in phagocytosis / lysosomal lumen / late endosome membrane ...spleen exonuclease / Synthesis of PG / single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / myotube differentiation / phospholipase D activity / immune system process / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Role of phospholipids in phagocytosis / lysosomal lumen / late endosome membrane / early endosome membrane / inflammatory response / lysosomal membrane / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
PLD-like domain / PLD-like domain / Phospholipase D. Active site motifs. / Phospholipase D/Transphosphatidylase / Phospholipase D phosphodiesterase active site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-3' exonuclease PLD3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lammens K
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2024
タイトル: Lysosomal endonuclease RNase T2 and PLD exonucleases cooperatively generate RNA ligands for TLR7 activation.
著者: Marleen Bérouti / Katja Lammens / Matthias Heiss / Larissa Hansbauer / Stefan Bauernfried / Jan Stöckl / Francesca Pinci / Ignazio Piseddu / Wilhelm Greulich / Meiyue Wang / Christophe Jung ...著者: Marleen Bérouti / Katja Lammens / Matthias Heiss / Larissa Hansbauer / Stefan Bauernfried / Jan Stöckl / Francesca Pinci / Ignazio Piseddu / Wilhelm Greulich / Meiyue Wang / Christophe Jung / Thomas Fröhlich / Thomas Carell / Karl-Peter Hopfner / Veit Hornung /
要旨: Toll-like receptor 7 (TLR7) is essential for recognition of RNA viruses and initiation of antiviral immunity. TLR7 contains two ligand-binding pockets that recognize different RNA degradation ...Toll-like receptor 7 (TLR7) is essential for recognition of RNA viruses and initiation of antiviral immunity. TLR7 contains two ligand-binding pockets that recognize different RNA degradation products: pocket 1 recognizes guanosine, while pocket 2 coordinates pyrimidine-rich RNA fragments. We found that the endonuclease RNase T2, along with 5' exonucleases PLD3 and PLD4, collaboratively generate the ligands for TLR7. Specifically, RNase T2 generated guanosine 2',3'-cyclic monophosphate-terminated RNA fragments. PLD exonuclease activity further released the terminal 2',3'-cyclic guanosine monophosphate (2',3'-cGMP) to engage pocket 1 and was also needed to generate RNA fragments for pocket 2. Loss-of-function studies in cell lines and primary cells confirmed the critical requirement for PLD activity. Biochemical and structural studies showed that PLD enzymes form homodimers with two ligand-binding sites important for activity. Previously identified disease-associated PLD mutants failed to form stable dimers. Together, our data provide a mechanistic basis for the detection of RNA fragments by TLR7.
履歴
登録2024年3月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月15日-
マップ公開2024年5月15日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19798.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19798.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.713
最小 - 最大-4.2930117 - 7.183138
平均 (標準偏差)-0.0032489242 (±0.09328729)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 313.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_19798_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_19798_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PLD3 dimer

全体名称: PLD3 dimer
要素
  • 細胞器官・細胞要素: PLD3 dimer
    • タンパク質・ペプチド: 5'-3' exonuclease PLD3

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超分子 #1: PLD3 dimer

超分子名称: PLD3 dimer / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: 5'-3' exonuclease PLD3

分子名称: 5'-3' exonuclease PLD3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: spleen exonuclease
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 48.058016 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: WEYGDLHLFG PNQRPAPCYD PCEAVLVESI PEGLDFPNAS TGNPSTSQAW LGLLAGAHSS LDIASFYWTL TNNDTHTQEP SAQQGEEVL RQLQTLAPKG VNVRIAVSKP SGPQPQADLQ ALLQSGAQVR MVDMQKLTHG VLHTKFWVVD QTHFYLGSAN M DWRSLTQV ...文字列:
WEYGDLHLFG PNQRPAPCYD PCEAVLVESI PEGLDFPNAS TGNPSTSQAW LGLLAGAHSS LDIASFYWTL TNNDTHTQEP SAQQGEEVL RQLQTLAPKG VNVRIAVSKP SGPQPQADLQ ALLQSGAQVR MVDMQKLTHG VLHTKFWVVD QTHFYLGSAN M DWRSLTQV KELGVVMYNC SCLARDLTKI FEAYWFLGQA GSSIPSTWPR FYDTRYNQET PMEICLNGTP ALAYLASAPP PL CPSGRTP DLKALLNVVD NARSFIYVAV MNYLPTLEFS HPHRFWPAID DGLRRATYER GVKVRLLISC WGHSEPSMRA FLL SLAALR DNHTHSDIQV KLFVVPADEA QARIPYARVN HNKYMVTERA TYIGTSNWSG NYFTETAGTS LLVTQNGRGG LRSQ LEAIF LRDWDSPYSH DLDTSADSVG NACRLL

UniProtKB: 5'-3' exonuclease PLD3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 5.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: alphafold model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2823826
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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